Antigenic and genetic characteristics of zoonotic influenza viruses and development of candidate vaccine viruses for pandemic preparedness September 2011 The development of representative candidate influenza vaccine viruses, coordinated by WHO, remains an essential component of the overall global strategy for pandemic preparedness. Comparisons of the candidate vaccine viruses with respect to antigenicity and their relationship to newly emerging viruses are ongoing and will be periodically reported by WHO. An update of current and completed vaccine clinical trials can be found on the WHO website.1
Caractéristiques antigéniques et génétiques des virus grippaux zoonosiques et mise au point de virus vaccins candidats en vue de la préparation à une pandémie Septembre 2011 La mise au point de virus vaccins grippaux candidats représentatifs, coordonnée par l’OMS, reste une composante essentielle de la stratégie mondiale de préparation à une pandémie. Les comparaisons entre virus vaccins candidats – s’agissant de leur antigénicité et de leur parenté avec les nouveaux virus émergents – se poursuivent et l’OMS en rendra compte périodiquement. On trouvera sur le site Web de l’Organisation une mise à jour des essais cliniques en cours ou achevés portant sur des vaccins.1
Influenza A(H5N1) Since their re-emergence in 2003, highly pathogenic avian influenza A(H5N1) viruses have become enzootic in some countries and continue to cause outbreaks in poultry as well as sporadic human infections. The A(H5N1) viruses have diversified both genetically and antigenically leading to the need for multiple candidate vaccine viruses for pandemic preparedness purposes. This summary provides updates on the characterization of A(H5N1) viruses isolated from birds and humans, and the current status of the development of candidate A(H5N1) vaccine viruses.
Grippe A (H5N1) Depuis leur réémergence en 2003, les virus grippaux A (H5N1) hautement pathogènes sont devenus enzootiques dans certains pays et continuent de provoquer des flambées chez les volailles et des infections sporadiques chez l’homme. Ces virus se sont diversifiés sur le plan génétique et antigénique, d’où la nécessité de mettre au point de nombreux virus vaccins candidats dans le cadre de la préparation à une pandémie. Le présent résumé fait le point de la caractérisation des virus A (H5N1) isolés chez des oiseaux et chez l’homme, ainsi que de l’état d’avancement des virus vaccins candidats.
Influenza A(H5N1) activity: 16 February–19 September 2011 World Health Organization Geneva Organisation mondiale de la Santé Genève Annual subscription / Abonnement annuel Sw. fr. / Fr. s. 346.– 1
Activités de la grippe A (H5N1): 16 février-19 septembre 2011 Des virus A (H5N1) ont été retrouvés chez des oiseaux en Afrique, en Asie et au MoyenOrient. Des infections chez l’homme ont été notifiées à l’OMS par le Bangladesh, le
A(H5N1) viruses have been detected in birds in Africa, Asia, and the Middle East. Human infections have been reported to the WHO from Bangladesh, Cambodia,
10.2011 ISSN 0049-8114 Printed in Switzerland
Table on clinical trials of pandemic and potentially pandemic influenza vaccines. World Health Organization, 2011 (http:// www.who.int/vaccine_research/diseases/influenza/flu_trials_ tables/en/index.html, accessed October 2011).
1
Table on clinical trials of pandemic and potentially pandemic influenza vaccines. Organisation mondiale de la Santé, 2011 (http://www. who.int/vaccine_research/diseases/influenza/flu_trials_tables/en/in dex.html, consulté en octobre 2011). 469
Egypt and Indonesia, countries in which infections have also been reported in birds (Table 1).
Cambodge, l’Égypte et l’Indonésie, pays dans lesquels des infections ont également été signalées chez les oiseaux (Tableau 1).
Antigenic and genetic characteristics The nomenclature for phylogenetic relationships among the haemagglutinin (HA) genes of A(H5N1) viruses has been recently revised in consultation with representatives of WHO, the Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO), the World Organisation for Animal Health (OIE) and academic institutions. The updated nomenclature report will be published in the journal Influenza and Other Respiratory Viruses and on the WHO website. Viruses circulating and characterized from 16 February to 19 September 2011 belonged to the following clades. Clade 1.1 (previously part of clade 1) viruses were detected in poultry and humans in Cambodia and in poultry in Viet Nam. Genetic characterization of the HA genes of these viruses showed that they were closely related to clade 1.1 viruses that had circulated earlier in these countries. The HA genes from the viruses isolated from humans were located in 2 genetic groups (Figure 1); the human viruses reacted well with post-infection ferret antisera against the clade 1 viruses A/Viet Nam/1203/2004 and A/Viet Nam/1194/2004 from which candidate vaccine viruses have been developed (Table 5). Clade 2.2.1 viruses continue to circulate in backyard poultry in Egypt with sporadic transmission to humans.
Caractéristiques antigéniques et génétiques La nomenclature des liens de parenté phylogénétique existant entre les gènes de l’hémaglutinine (HA) des virus grippaux A (H5N1) a été récemment révisée en consultation avec des représentants de l’OMS, de l’Organisation des Nations Unies pour l’Alimentation et l’Agriculture (FAO), de l’Organisation mondiale de la Santé animale (OIE) et d’instituts universitaires. Le rapport portant sur cette actualisation de la nomenclature sera publié dans la revue Influenza and Other Respiratory Viruses et sur le site Web de l’OMS. Les virus circulant et caractérisés entre le 16 février et le 19 septembre 2011 appartiennent aux clades qui suivent. Des virus du clade 1.1 (faisant auparavant partie du clade 1) ont été détectés chez des volailles et des personnes au Cambodge et chez des volailles au Viet Nam. La caractérisation génétique des gènes HA de ces virus a montré qu’ils étaient étroitement apparentés aux virus du clade 1.1 ayant circulé précédemment dans ces pays. Les gènes HA des virus isolés chez l’homme appartenaient à 2 groupes génétiques (Figure 1); les virus humains ont bien réagi en présence d’immunsérums de furet postinfection obtenus après inoculation des virus A/Viet Nam/1203/2004 et A/Viet Nam/1194/2004 du clade 1, à partir desquels les virus vaccins candidats ont été mis au point (Tableau 5). Des virus appartenant au clade 2.2.1 continuent de circuler chez les volailles domestiques en Egypte avec transmission sporadi-
Table 1 Worldwide influenza A(H5N1) activity, 16 February – 19 September 2011 Tableau 1 Activité de la grippe A(H5N1) dans le monde, 16 février-19septembre 2011 Country, area or territory – Pays, zones ou territories Bangladesh Host – Hôte Poultry – Volailles Wild birds – Oiseaux sauvages Human (2)a – Homme (2)a Poultry – Volailles Human (7) – Homme (7) Poultry – Volailles Poultry – Volailles Humans (29) – Homme (29) India – Inde Indonesia – Indonésie Israel – Israël Japan – Japon Republic of Korea – République de Corée Mongolia – Mongolie Myanmar Viet Nam a
Genetic clade – Clade génétique 2.2.2/2.3.2.1/2.3.4.2 2.3.2.1 2.2.2 1.1 1.1 2.3.2.1/2.3.4 2.2.1/2.2.1.1 2.2.1 2.3.2.1 Unknown – Inconnu Unknown – Inconnu 2.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1 Unknown – Inconnu 2.3.2.1/2.3.4.2 1.1/2.3.2.1
Cambodia – Cambodge China, Hong Kong SAR – Chine, Hong Kong RAS Egypt – Egypte
Poultry – Volailles Poultry – Volailles Humans (7) – Homme (7) Poultry – Volailles Wild birds – Oiseaux sauvages Poultry – Volailles Wild birds – Oiseaux sauvages Poultry – Volailles Wild bird – Oiseaux sauvages Poultry – Volailles Poultry – Volailles
Numbers in parentheses denote the number of reported cases occurring during this period. – Les chiffres entre parenthèses correspondent au nombre de cas confirmés survenus au cours de cette période. Weekly epidemiological record, No. 43, 21 OCTOber 2011
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All recent human A(H5N1) viruses in Egypt belong to this clade (Figure 2). Clade 2.2.1 viruses were also detected in poultry in Israel. Viruses isolated during this period were genetically similar to those isolated previously. Recent human viruses reacted well with postinfection ferret antiserum against A/Egypt/N03072/2010 from which a candidate vaccine virus has been developed (Table 5). Clade 2.2.1.1 (previously part of clade 2.2.1) viruses continued to circulate primarily within the commercial poultry sector in Egypt and were isolated from this population during the reporting period. Genetically these viruses were similar to other recent clade 2.2.1.1 viruses (Figure 2). Clade 2.2.2 (previously part of clade 2.2) viruses were detected in poultry and humans in Bangladesh. Genetically these viruses were similar to viruses detected in this region in previous years (Figure 2). Post-infection ferret antisera against the clade 2.2 viruses A/chicken/ India/NIV33487/2006 and A/bar-headed goose/Qinghai Lake/1A/2005, from which candidate vaccine viruses have been developed (Table 5), reacted well with the recent clade 2.2.2 viruses. Clade 2.3.2.1 (previously part of clade 2.3.2) viruses were detected in wild birds in Bangladesh, Japan and the Republic of Korea, and also in poultry in Bangladesh, China Hong Kong Special Administrative Region (China Hong Kong SAR), India, Japan, Myanmar, Republic of Korea and Viet Nam. Although there is some genetic (Figure 3) and antigenic heterogeneity among viruses of this clade, recently isolated viruses reacted well with post-infection ferret antisera against either A/Hong Kong/6841/2010 (an A/Hubei/1/2010-like virus) or A/barn swallow/Hong Kong/D10-1161/2010 (Tables 2 and 3), from which candidate vaccine viruses have been developed (Table 5).
que à l’homme. Tous les virus A (H5N1) récemment retrouvés chez l’homme en Égypte appartiennent à ce clade (Figure 2). Des virus appartenant au clade 2.2.1 ont également été détectés chez des volailles en Israël. Ceux isolés au cours de cette période sont comparables sur le plan génétique à ceux isolés précédemment. Les virus récemment retrouvés chez l’homme ont bien réagi en présence d’immunsérums de furet postinfection obtenus après inoculation du virus A/Egypt/N03072/2010, à partir duquel un virus vaccin candidat a été mis au point (Tableau 5). Des virus appartenant au clade 2.2.1.1 (faisant auparavant partie du clade 2.2.1) ont continué de circuler essentiellement dans le secteur commercial des volailles en Égypte et ont été isolés dans cette population au cours de la période de notification. Génétiquement, ces virus sont comparables aux autres virus récents appartenant au clade 2.2.1.1 (Figure 2). Des virus appartenant au clade 2.2.2 (faisant auparavant partie du clade 2.2) ont été dépistés chez des volailles et chez l’homme au Bangladesh. Sur le plan génétique, ces virus sont comparables aux virus détectés dans cette région au cours des années précédentes (Figure 2). Des immunsérums de furet postinfection obtenus après inoculation des virus A/chicken/India/ NIV33487/2006 et A/barheaded goose/Qinghai Lake/1A/2005 appartenant au clade 2.2, à partir desquels des virus vaccins candidats ont été mis au point (Tableau 5), ont bien réagi en présence des virus récents du clade 2.2.2. Des virus appartenant au clade 2.3.2.1 (faisant auparavant partie du clade 2.3.2) ont été détectés chez des oiseaux sauvages au Bangladesh, au Japon et en République de Corée, ainsi que chez des volailles au Bangladesh, en Chine (Région administrative spéciale (RAS) de Hong Kong), en Inde, au Japon, au Myanmar, en République de Corée et au Viet Nam. Bien qu’il y ait une certaine hétérogénéité génétique (Figure 3) et antigénique parmi les virus de ce clade, les virus isolés récemment ont bien réagi en présence d’immunsérums de furet postinfection obtenus après inoculation des virus A/Hong Kong/6841/2011 (un virus de type A/Hubei/1/2010) ou A/barn swallow/Hong Kong/ D10-1161/2010 (Tableaux 2 et 3), à partir desquels des virus vaccins candidats ont été mis au point (Tableau 5).
Table 2 Antigenic properties of recent A/Hubei/1/2010-like clade 2.3.2.1 influenza A(H5N1) viruses Tableau 2 Propriétés antigéniques des virus grippaux A (H5N1) de type A/Hubei/1/2010 récents, appartenant au clade 2.3.2.1 Reference ferret antisera – Immunsérums de furet de référence cm/HK/07 640 320 160 20 20 10 40 40 10 160 bhg/Mon/09 160 160 80 <10 20 40 80 10 40 10 HK/6841/10 320 640 320 10 80 160 160 80 80 320 Anhui/1/05 <10 <10 <10 320 <10 <10 <10 <10 <10 <10
Antigens – Antigènes Reference antigens – Antigènes de référence A/common magpie/Hong Kong/5052/2007 A/bar-headed goose/Mongolia/x53/2009 A/Hong Kong/6841/2010* A/Anhui/1/2005 Test antigens – Antigènes d’épreuve A/duck/Viet Nam/NCVD-671/2011 A/chicken/Viet Nam/NCVD-703/2011 A/chicken/Viet Nam/NCVD-675/2011 A/duck/Viet Nam/NCVD-664/2010 A/chicken/Viet Nam/NCVD-700/2011 A/crow/Bangladesh/1008/2011
Clade
2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.4 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1
*A/Hong Kong/6841/2010 is a A/Hubei/1/2010-like virus. – Le virus A/Hong Kong/6841/2010 est un virus de type A/Hubei/1/2010-like. Numbers in bold indicate homologous antiserum/antigen titres. – Les chiffres en caractères gras indiquent des titres homologues d’antisérum en présence d’antigènes. releve epidemiologique hebdomadaire, No 43, 21 OCTObre 2011 471
Table 3 Antigenic properties of recent A/barn swallow/Hong Kong/1161-2010-like clade 2.3.2.1 influenza A(H5N1) viruses Tableau 3 Propriétés antigéniques des virus grippaux A (H5N1) de type A/barn swallow/Hong Kong/1161-2010 récents, appartenant au clade 2.3.2.1 Reference ferret antisera – Immunsérums de furet de référence dk/VN/1455/06 80 80 <20 <20 <20 <20 <20 <20 <20 cm/HK/07 40 160 40 <20 <20 <20 <20 <20 <20 bs/HK/1161/10 <20 80 160 40 80 80 80 80 80
Antigens – Antigènes Reference antigens – Antigènes de référence A/muscovy duck/Viet Nam/1455/2006 A/common magpie/Hong Kong/5052/2007 A/barn swallow/Hong Kong/1161/2010 Test antigens – Antigènes d’épreuve A/goose/Hong Kong/631/2009 A/oriental magpie robin/Hong Kong/470.1/2011 A/large-billed crow/Hong Kong/497/2011 A/black-headed gull/Hong Kong/709/2011 A/chicken/Hong Kong/884.2/2011 A/swine/Guangxi/NS592/2011
Clade
2.3.2 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1 2.3.2.1
Numbers in bold indicate homologous antiserum/antigen titres. – Les chiffres en caractères gras indiquent des titres homologues d’antisérum en présence d’antigènes.
A Clade 2.3.4 virus was detected in a poultry carcass in China Hong Kong SAR. Antigenically and genetically this virus was similar to clade 2.3.4 viruses circulating in recent years (Figure 4). Clade 2.3.4.2 (previously part of 2.3.4) viruses were detected in poultry in Bangladesh and Myanmar. Representative viruses from these countries were genetically similar to each other (Fig. 4) but showed reduced reactivity with post-infection ferret antisera against the clade 2.3.4 viruses A/chicken/Hong Kong/AP156/2008, A/duck/Laos/3295/2006, and A/Japanese white eye/Hong Kong/1038/2006 (Table 4), from which candidate vaccine viruses have been developed (Table 5).
Un virus appartenant au clade 2.3.4 a été retrouvé dans une carcasse de volaille en Chine (RAS de Hong Kong). Sur le plan antigénique et génétique, ce virus est comparable aux virus du clade 2.3.4 ayant circulé ces dernières années (Figure 4). Des virus appartenant au clade 2.3.4.2 (faisant auparavant partie du clade 2.3.4) ont été détectés chez des volailles au Bangladesh et au Myanmar. Des virus représentatifs de ces pays sont comparables les uns aux autres sur le plan génétique (Figure 4) mais ont montré une réactivité réduite en présence d’immunsérums de furet postinfection obtenus après inoculation des virus du clade 2.3.4 A/chicken/Hong Kong/AP156/2008, A/duck/ Laos/3295/2006 et A/Japanese white eye/Hong Kong/1038/2006 (Tableau 4), à partir desquels des virus vaccins candidats ont été mis au point (Tableau 5).
Influenza A(H5N1) candidate vaccine viruses Based on the current antigenic, genetic and epidemiological data, development of a new clade 2.3.4.2 A/chicken/Bangladesh/11rs1984-30/2011-like candidate vaccine virus is proposed. The available candidate A(H5N1) vaccine viruses are listed in Table 5. On the basis of geographic spread, epidemiology and antigenic and genetic properties of the A(H5N1) viruses in particular locations, national authorities may consider the
Virus vaccins candidats contre la grippe A (H5N1) En se basant sur les données antigéniques, génétiques et épidémiologiques actuelles, la mise au point d’un nouveau virus vaccin candidat de type A/chicken/Bangladesh/11rs1984-30/2011 appartenant au clade 2.3.4.2 est proposée. Les virus vaccins candidats contre la grippe A (H5N1) disponibles sont énumérés dans le Tableau 5. Sur la base de la propagation géographique, de l’épidémiologie et des propriétés antigéniques et génétiques des virus A (H5N1) dans certains endroits, les autorités nationales
Table 4 Antigenic properties of a recent clade 2.3.4.2 influenza A(H5N1) virus Tableau 4 Propriétés antigéniques des virus grippaux A (H5N1) appartenant au clade 2.3.4.2 Reference ferret antisera – Immunsérums de furet de référence dk/Laos/3295/06 640 640 <10 20 jwe/HK/1038/06 20 160 <10 <10 ck/HK/AP156/08 Not tested – Non testé Not tested – Non testé 640 20
Antigens – Antigènes Reference antigens – Antigènes de référence A/duck/Laos/3295/2006 A/Japanese white eye/Hong Kong/1038/2006 A/chicken/Hong Kong/AP156/2008 Test antigens – Antigènes d’épreuve A/chicken/Bangladesh/11rs1984-30/2011
Clade
2.3.4 2.3.4 2.3.4 2.3.4.2
Numbers in bold indicate homologous antiserum/antigen titres. – Les chiffres en caractères gras indiquent des titres homologues d’antisérum en présence d’antigènes. 472 Weekly epidemiological record, No. 43, 21 OCTOber 2011
Table 5 Status of development of influenza A(H5N1) candidate vaccine viruses, September 2011 Tableau 5 État d’avancement de la mise au point des virus vaccins candidats contre la grippe A (H5N1), septembre 2011 Virus Clade Institutiona NIBSC CDC and SJ/HKU NIBSC SJ/HKU CDC Availability – Disponibilité Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Requires permission from Indonesian government – Nécessite la permission du gouvernement indonésien Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui Pending – En attente Pending – En attente Pending – En attente
Available candidate vaccine viruses – Virus vaccins candidats disponibles A/Cambodia/R0405050/2007 1.1 A/Viet Nam/1203/2004 1 A/Viet Nam/1194/2004 1 A/duck/Hunan/795/2002 2.1 A/Indonesia/5/2005 2.1.3.2
A/bar-headed goose/Qinghai/1A/2005 A/chicken/India/NIV33487/2006 A/whooper swan/Mongolia/244/2005 A/Egypt/3300-NAMRU3/2008 A/Egypt/2321-NAMRU3/2007 A/turkey/Turkey/1/2005 A/Egypt/N03072/2010 A/common magpie/Hong Kong/5052/2007 A/chicken/Hong Kong/AP156/2008 A/Anhui/1/2005 A/duck/Laos/3295/2006 A/Japanese white eye/Hong Kong/1038/2006 A/goose/Guiyang/337/2006 A/chicken/Viet Nam/NCVD-016/2008
2.2 2.2 2.2 2.2.1.1 2.2.1 2.2.1 2.2.1 2.3.2.1 2.3.4 2.3.4 2.3.4 2.3.4 4 7.1
SJ/HKU CDC/NIV SJ CDC CDC NIBSC CDC SJ/HKU SJ/HKU CDC FDA SJ/HKU SJ/HKU CDC CDC SJ/HKU CDC
Candidate vaccine viruses in preparation – Virus vaccins candidats en préparation A/chicken/Viet Nam/NCDV-03/2008 7.1 A/barn swallow/Hong Kong/D10-1161/2010 2.3.2.1 A/Hubei/1/2010 2.3.2.1
Viruses proposed by WHO for candidate vaccine virus preparation – Virus proposés par l’OMS pour la préparation de vaccins candidats A/chicken/Bangladesh/11rs1984-30/2011-like 2.3.4.2 Pending – En attente a
CDC, Centers for Disease Control and Prevention, United States; CDC/NIV; Centers for Disease Control and Prevention, United States, in collaboration with the National Institute of Virology, India; FDA, Food and Drug Administration, United States; NIBSC, National Institute for Biological Standards and Control, Health Protection Agency, England; SJ, St Jude Children’s Research Hospital, United States; SJ/HKU, St Jude Children’s Research Hospital, United States, in collaboration with the University of Hong Kong, China, Hong Kong Special Administrative Region. – CDC, Centers for Disease Control and Prevention, États-Unis; CDC/NIC, Centers for Disease Control and Prevention, États-Unis en collaboration avec le National Institute of Virology, Inde; FDA, Food and Drug Administration, États-Unis; NIBSC, National Institute for Biological Standards and Control, Health Protection Agency, Angleterre; SJ, St. Jude Children’s Research Hospital,
États-Unis; HKU, Université de Hong Kong, Hong Kong, région administrative spéciale de Chine.
use of one or more of these candidate vaccine viruses for pilot lot vaccine production, for clinical trials and other pandemic preparedness purposes. As the viruses continue to evolve, new influenza A(H5N1) candidate vaccine viruses will be developed and announced as they become available. Institutions, companies and others who wish to receive these candidate vaccine viruses should contact WHO at gisrswhohq@who.int or the institutions listed in announcements published on the WHO website.2
peuvent envisager d’utiliser un ou plusieurs de ces virus vaccins candidats pour la production de lots de vaccins pilotes destinés à des essais cliniques et à la préparation à une pandémie. Au fur et à mesure de l’évolution des virus, de nouveaux virus vaccins candidats contre la grippe A (H5N1) vont être mis au point et annoncés dès qu’ils seront disponibles. Les institutions, les firmes et autres entités souhaitant recevoir ces virus vaccins candidats doivent contacter l’OMS à l’adresse suivante: gisrswhohq@who.int ou les institutions dont les noms figurent dans les communiqués publiés sur le site Web de l’OMS.2
Influenza A(H9N2) Influenza A(H9N2) viruses are enzootic in poultry populations in parts of Asia and the Middle East. Although characterization data on recent A(H9N2) viruses from many regions are limited, the majority of viruses that have been sequenced belong to the G1 clade or the See http://www.who.int/influenza/vaccines/virus/en/, accessed October 2011. o
Grippe A (H9N2) Les virus grippaux A (H9N2) sont enzootiques dans les populations de volailles de certaines parties d’Asie et du MoyenOrient. Bien que les données relatives à la caractérisation des virus A (H9N2) récents provenant de nombreuses régions soient limitées, la majorité de ceux qui ont été séquencés appartien2
2
Voir http://www.who.int/influenza/vaccines/virus/en/, consulté en octobre 2011. 473
releve epidemiologique hebdomadaire, N 43, 21 OCTObre 2011
Figure 1 Phylogenetic relationships of influenza A(H5N1) clades 1 and 1.1 virus haemagglutinin (HA) genes showing available (in bold) vaccine viruses. Human viruses are underlined. Figure 1 Classification phylogénétique des gènes de l’hémagglutinine (HA) des virus grippaux A (H5N1) montrant les virus vaccins appartenant aux clades 2.2, 2.2.1, 2.2.2 et 2.2.1.1 montrant les virus vaccins disponibles (en gras). Les virus humains sont soulignés.
We gratefully acknowledge the contributions of the originating laboratories and countries which have provided samples and/or submitted sequence data to the DNA Data Bank of Japan, the European Molecular Biology Laboratory (England), GenBank, the Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) and other public databases. Sequences have also been provided the United Nations Food and Agriculture Organization Network of Expertise on Animal Influenza (OFFLU). – Nous remercions sincèrement pour leurs contributions les laboratoires et pays d’origine ayant fourni des échantillons et/ou soumis les données du séquençage à la Banque d’ADN du Japon, au Laboratoire européen de biologie moléculaire (Angleterre), au GenBank, à l’Initiative mondiale d’échange des données sur la grippe aviaire (GISAID) et autres banques de données publiques. Des séquences ont également été fournies par le Réseau d’experts de la grippe animale (OFFLU) de l’Organisation mondiale de la Santé animale/Organisation des Nations Unies pour l’Alimentation.
chicken/Beijing (Y280/G9) clade. Since 1998, when the first human infection was detected, the isolation of A(H9N2) viruses from humans and swine has been reported infrequently. In all human cases the associated disease symptoms have been mild and there has been no evidence of human-to-human transmission.
nent au clade G1 ou au clade chicken/Beijing (Y280/G9). Depuis 1998, année au cours de laquelle la première infection a été dépistée chez l’homme, l’isolement des virus A (H9N2) chez l’homme et chez le porc a été peu souvent notifié. Dans tous les cas connus chez l’homme, les symptômes associés ont été bénins et aucune transmission interhumaine n’a été mise en évidence.
Human influenza A(H9N2) infection: 16 February– September 2011 There has been one human case of A(H9N2) infection detected in Bangladesh in this reporting period. This 474
Infection humaine par le virus grippal A (H9N2): 16 février-19 septembre 2011 On a enregistré un cas d’infection humaine par le virus A (H9N2) au Bangladesh au cours de cette période de notificaWeekly epidemiological record, No. 43, 21 OCTOber 2011
Figure 2 Phylogenetic relationships of influenza A(H5N1) clades 2.2, 2.2.1, 2.2.2 and 2.2.1.1 virus haemagglutinin (HA) genes showing available (in bold) vaccine viruses. Human viruses are underlined. Figure 2 Classification phylogénétique des gènes de l’hémagglutinine (HA) des virus grippaux A (H5N1) montrant les virus vaccins appartenant aux clades 1 et 1.1 montrant les virus vaccins disponibles (en gras). Les virus humains sont soulignés.
We gratefully acknowledge the contributions of the originating laboratories and countries which have provided samples and/or submitted sequence data to the DNA Data Bank of Japan, the European Molecular Biology Laboratory (England), GenBank, the Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) and other public databases. Sequences have also been provided the United Nations Food and Agriculture Organization Network of Expertise on Animal Influenza (OFFLU). – Nous remercions sincèrement pour leurs contributions les laboratoires et pays d’origine ayant fourni des échantillons et/ou soumis les données du séquençage à la Banque d’ADN du Japon, au Laboratoire européen de biologie moléculaire (Angleterre), au GenBank, à l’Initiative mondiale d’échange des données sur la grippe aviaire (GISAID) et autres banques de données publiques. Des séquences ont également été fournies par le Réseau d’experts de la grippe animale (OFFLU) de l’Organisation mondiale de la Santé animale/Organisation des Nations Unies pour l’Alimentation.
releve epidemiologique hebdomadaire, No 43, 21 OCTObre 2011
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Figure 3 Phylogenetic relationships of influenza A(H5N1) clades 2.3.2 and 2.3.2.1 virus haemagglutinin (HA) genes showing available (in bold) vaccine viruses. Human viruses are underlined. Figure 3 Classification phylogénétique des gènes de l’hémagglutinine (HA) des virus grippaux A (H5N1) montrant les virus vaccins appartenant aux clades 2.3.2 et 2.3.2.1 montrant les virus vaccins disponibles (en gras). Les virus humains sont soulignés.
We gratefully acknowledge the contributions of the originating laboratories and countries which have provided samples and/or submitted sequence data to the DNA Data Bank of Japan, the European Molecular Biology Laboratory (England), GenBank, the Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) and other public databases. Sequences have also been provided the United Nations Food and Agriculture Organization Network of Expertise on Animal Influenza (OFFLU). – Nous remercions sincèrement pour leurs contributions les laboratoires et pays d’origine ayant fourni des échantillons et/ou soumis les données du séquençage à la Banque d’ADN du Japon, au Laboratoire européen de biologie moléculaire (Angleterre), au GenBank, à l’Initiative mondiale d’échange des données sur la grippe aviaire (GISAID) et autres banques de données publiques. Des séquences ont également été fournies par le Réseau d’experts de la grippe animale (OFFLU) de l’Organisation mondiale de la Santé animale/Organisation des Nations Unies pour l’Alimentation.
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Weekly epidemiological record, No. 43, 21 OCTOber 2011
Figure 4 Phylogenetic relationships of influenza A(H5N1) clades 2.3.4, 2.3.4.1, 2.3.4.2 and 2.3.4.3 virus haemagglutinin (HA) genes showing available (in bold) and proposed vaccine viruses (in a box). Human viruses are underlined. Figure 4 Classification phylogénétique des gènes de l’hémagglutinine (HA) des virus grippaux A (H5N1) montrant les virus vaccins appartenant aux clades 2.3.4, 2.3.4.1, 2.3.4.2 et 2.3.4.3 montrant les virus vaccins disponibles (en gras) et proposés (dans une boîte). Les virus humains sont soulignés.
We gratefully acknowledge the contributions of the originating laboratories and countries which have provided samples and/or submitted sequence data to the DNA Data Bank of Japan, the European Molecular Biology Laboratory (England), GenBank, the Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) and other public databases. Sequences have also been provided the United Nations Food and Agriculture Organization Network of Expertise on Animal Influenza (OFFLU). – Nous remercions sincèrement pour leurs contributions les laboratoires et pays d’origine ayant fourni des échantillons et/ou soumis les données du séquençage à la Banque d’ADN du Japon, au Laboratoire européen de biologie moléculaire (Angleterre), au GenBank, à l’Initiative mondiale d’échange des données sur la grippe aviaire (GISAID) et autres banques de données publiques. Des séquences ont également été fournies par le Réseau d’experts de la grippe animale (OFFLU) de l’Organisation mondiale de la Santé animale/Organisation des Nations Unies pour l’Alimentation.
releve epidemiologique hebdomadaire, No 43, 21 OCTObre 2011
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Figure 5 Phylogenetic relationships of influenza A(H9N2) virus haemagglutinin (HA) genes showing available (in bold) and proposed vaccine viruses (in a box). Human viruses are underlined. Figure 5 Classification phylogénétique des gènes de l’hémagglutinine (HA) des virus grippaux A(H9N2) montrant les virus vaccins disponibles (en gras) et proposés (dans une boîte). Les virus humains sont soulignés.
We gratefully acknowledge the contributions of the originating laboratories and countries which have provided samples and/or submitted sequence data to the DNA Data Bank of Japan, the European Molecular Biology Laboratory (England), GenBank, the Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) and other public databases. Sequences have also been provided the United Nations Food and Agriculture Organization Network of Expertise on Animal Influenza (OFFLU). – Nous remercions sincèrement pour leurs contributions les laboratoires et pays d’origine ayant fourni des échantillons et/ou soumis les données du séquençage à la Banque d’ADN du Japon, au Laboratoire européen de biologie moléculaire (Angleterre), au GenBank, à l’Initiative mondiale d’échange des données sur la grippe aviaire (GISAID) et autres banques de données publiques. Des séquences ont également été fournies par le Réseau d’experts de la grippe animale (OFFLU) de l’Organisation mondiale de la Santé animale/Organisation des Nations Unies pour l’Alimentation. 478 Weekly epidemiological record, No. 43, 21 OCTOber 2011
virus was genetically and antigenically similar to A(H9N2) viruses circulating in poultry in Bangladesh in previous years (Figure 5) but distinct from viruses from which candidate vaccine viruses have been developed (Table 6). Accordingly, the development of an A/Bangladesh/0994/2011-like candidate vaccine virus is proposed (Table 6). As the viruses continue to evolve, new influenza A(H9N2) candidate vaccine viruses will be developed and announced as they become available. Institutions, companies and others who wish to receive these candidate vaccine viruses should contact WHO at gisrs-whohq@who.int or the institutions listed in announcements published on the WHO website.2
tion. Le virus en cause est comparable sur le plan génétique et antigénique aux virus A (H9N2) ayant circulé chez les volailles au Bangladesh au cours des années précédentes (Figure 5), mais se distingue des virus à partir desquels les virus vaccins candidats ont été mis au point (Tableau 6). De ce fait, il est proposé de mettre au point un virus vaccin candidat de type A/Bangladesh/0994/2011 (Tableau 6). Au fur et à mesure de l’évolution des virus, de nouveaux virus vaccins candidats contre la grippe A (H9N2) vont être mis au point et annoncés dès qu’ils sont disponibles. Les institutions, les firmes et autres entités souhaitant recevoir ces virus vaccins candidats doivent contacter l’OMS à l’adresse suivante: gisrswhohq@who.int, ou les institutions dont les noms figurent dans les communiqués publiés sur le site Web de l’OMS.2
Swine-origin influenza A(H3N2) Swine influenza A(H3N2) viruses are enzootic in swine herds of North America and other parts of the world. Characterization of recent A(H3N2) viruses from swine in North America indicates that their HA genes have evolved from the human virus precursors that circulated in the mid-1990s. Isolation of swine-origin influenza viruses (SOIV) A(H3N2) from humans has been reported infrequently. The United States reported 8 infections due to A(H3N2) SOIV between January 2005 and 15 February 2011.
Grippe A (H3N2) d’origine porcine Les virus de la grippe porcine A (H3N2) sont enzootiques dans les élevages d’Amérique du Nord et d’autres parties du monde. La caractérisation des virus porcins A (H3N2) récents d’Amérique du Nord indique que leurs gènes HA ont évolué à partir des précurseurs du virus humain qui ont circulé au milieu des années 1990. L’isolement de virus grippaux d’origine porcine A (H3N2) chez l’homme a été peu souvent notifié. Les États-Unis ont signalé 8 infections dues à ces derniers entre le mois de janvier 2005 et le 15 février 2011.
A(H3N2) SOIV infections: 16 February to 19 September 2011 In the United States, there have been 4 human infections with A(H3N2) SOIV in the states of Indiana (1) and Pennsylvania (3) during this period. The HA and neuraminidase genes of these 4 viruses were similar to those of swine viruses that circulate in the United States. Sequencing data indicated that the matrix genes of these viruses were acquired from an A(H1N1)pdm09 virus, unlike SOIV isolates from previous human cases. Antigenic analysis indicated that these viruses were distinct from currently circulating human A(H3N2) viruses but similar to swine A(H3N2) viruses from previous
Infections par les virus grippaux d’origine porcine A (H3N2): 16 février-19 septembre 2011 Aux États-Unis, il y a eu 4 cas d’infection chez l’homme par ces virus dans les États de l’Indiana (1) et de la Pennsylvanie (3) au cours de cette période. Les gènes HA et de la neuraminidase de ces 4 virus sont comparables à ceux des virus porcins qui circulent aux États-Unis. Les données du séquençage ont indiqué que les gènes matriciels de ces virus ont été acquis à partir d’un virus A (H1N1)pdm09, contrairement aux isolements de virus grippaux d’origine porcine réalisés précédemment chez l’homme. L’analyse antigénique a indiqué que ces virus se distinguaient des virus A (H3N2) circulant actuellement chez l’homme mais étaient comparables aux virus A (H3N2) porcins
Table 6 Status of development of influenza A(H9N2) candidate vaccine viruses, September 2011 Tableau 6 État d’avancement de la mise au point des virus vaccins candidats contre la grippe A (H9N2), septembre 2011 Virus Available candidate vaccine viruses A/Hong Kong/1073/1999 A/chicken/Hong Kong/G9/1997 A/chicken/Hong Kong/G9/1997 Candidate vaccine viruses in preparation A/Hong Kong/33982/2009 (IBCDC-RG26) Type Wild type – Type sauvage Reverse genetics – Génétique inverse Conventional reassortant – Réassorti classique Reverse genetics – Génétique inverse Clade G1 Y280/G9 Y280/G9 Institutiona NIBSC NIBSC CDC Availability – Disponibilité Yes – Oui Yes – Oui Yes – Oui
G1
CDC
Pending – En attente
Viruses proposed by WHO for candidate vaccine virus preparation A/Bangladesh/0994/2011-like Reverse genetics and conventional – Génétique inverse et classique a
G1
CDC/NIBSC
CDC, Centers for Disease Control and Prevention, United States; NIBSC, National Institute for Biological Standards and Control, Health Protection Agency, England. – CDC, Centers for Disease Control and Prevention, États-Unis; NIBSC, National Institute for Biological Standards and Control, Health Protection Agency, Angleterre. 479
releve epidemiologique hebdomadaire, No 43, 21 OCTObre 2011
years as well as to A/Minnesota/11/2010 (H3N2) SOIV (Table 7), from which a candidate vaccine virus is under development. As the viruses continue to evolve, new SOIV candidate vaccine viruses will be developed and announced as they become available. Institutions, companies and others who wish to receive these candidate vaccine viruses should contact WHO at gisrs-whohq@who.int or the institutions listed in announcements published on the WHO website.2
des années précédentes, ainsi qu’aux virus grippaux d’origine porcine A/Minnesota/11/2010 (Tableau 7), à partir desquels un virus vaccin candidat est actuellement mis au point. Au fur et à mesure de l’évolution des virus, de nouveaux virus vaccins candidats d’origine porcine vont être mis au point et annoncés dès qu’ils seront disponibles. Les institutions, les firmes et autres entités souhaitant recevoir ces virus vaccins candidats doivent contacter l’OMS à l’adresse suivante: gisrs-whohq@who.int, ou les institutions dont les noms figurent dans les communiqués publiés sur le site Web de l’OMS.2
Table 7 Antigenic properties of a recent swine-origin influenza A(H3N2) virus Tableau 7 Propriétés antigéniques d’un virus grippal A (H3N2) d’origine porcine récent Reference ferret antisera – Immunsérums de furet de référence CA/09 2560 2560 <10 <10 <10 <10 <10 <10 SD/03 2560 5120 <10 <10 <10 <10 <10 <10 Perth/09 <10 10 640 <10 <10 10 <10 <10 Sw/IL/09 20 160 <10 2560 1280 160 160 40 KS/09 <10 160 <10 2560 2560 320 80 40 PA/10 40 160 <10 320 320 1280 640 320 WI/10 <10 <10 <10 160 160 320 1280 320 MN/10 <10 <10 <10 80 80 640 640 1280
Antigens – Antigènes Reference antigens – Antigènes de référence A/California/07/2009 H1N1pdm09 A/South Dakota/03/2008 Human H1N1-SOIV A/Perth/16/2009 Seasonal H3N2 A/swine/Illinois/02907/2009 Swine H3N2 A/Kansas/13/2009 Human H3N2-SOIV A/Pennsylvania/14/2010 Human H3N2-SOIV A/Wisconsin/12/2010 Human H3N2-SOIV A/Minnesota/11/2010 Human H3N2-SOIV Test antigens – Antigènes d’épreuve A/Indiana/08/2011
20
<10
10
40
80
1280
1280
1280
Numbers in bold indicate homologous antiserum/antigen titres. – Les chiffres en caractères gras indiquent des titres homologues d’antisérum en présence d’antigènes.