2001, 76, 241–248
No. 32
Weekly epidemiological record Relevé épidémiologique hebdomadaire 10 AUGUST 2001, 76th YEAR / 10 AOÛT 2001, 76e ANNÉE No. 32, 2001, 76, 241–248 http://www.who.int/wer
Contents 241 Outbreak news 242 Nomenclature for describing the genetic characteristics of wild-type measles viruses (update) 247 Influenza 248 International Health Regulations
Q OUTBREAK NEWS Cholera, Afghanistan. As of 25 July, WHO has reported a total of 4 499 cases including 114 deaths. The cases have occurred in the northern region (Aibak, Khulm), northeastern region (Faizabad, Kunduz), eastern region, southern region and south-eastern region. WHO, which is assisting the Ministry of Public Health to coordinate the response to the outbreak, has sent 2 assessment missions to the affected areas and distributed medical supplies. Médecins sans frontières is also working with WHO and the Ministry to control the outbreak. Cholera, Chad. As of 3 August, WHO has reported a total of 1 111 cases, including 33 deaths. The majority of cases are from Ndjamena district (921 cases, 27 deaths), while Massakory has reported 156 cases (5 deaths); Bongo, 24 cases (1 death); and Bol, 10 cases. The emergency coordination committee in the Ministry of Health, assisted by WHO, UNICEF and NGOs, is overseeing the containment of the outbreak and has sent a team to Massakory to assess the situation. Surveillance strengthening, health education and the improvement of public hygiene are continuing.
Q LE POINT SUR LES ÉPIDÉMIES Choléra, Afghanistan. Au 25 juillet, lOMS avait signalé au total 4 499 cas dont 114 décès. Les cas se sont produits dans les régions nord (Aibak, Khulm), nord-est (Faizabad, Kunduz), est, sud et sud-est.
Sommaire 241 Le point sur les épidémies 242 Nomenclature relative à la description des caractéristiques génétiques des virus rougeoleux sauvages (mise à jour) 247 Grippe 32 Règlement sanitaire international
LOMS, qui apporte son aide au Ministère de la santé publique pour coordonner lintervention face à la flambée, a envoyé 2 missions dévaluation dans les zones touchées et a distribué du matériel médical. Médecins sans frontières travaille aussi avec lOMS et le Ministère pour enrayer la flambée. Choléra, Tchad. Au 3 août, lOMS avait signalé au total 1 111 cas dont 33 décès. La plupart des cas se sont produits dans le district de Ndjamena (921 cas, 27 décès), tandis que Massakory avait signalé 156 cas (5 décès); Bongo, 24 cas (1 décès); et Bol, 10 cas. Le comité de coordination des urgences au Ministère de la santé, soutenu par lOMS, lUNICEF et des ONG, est chargé de limiter la flambée et a envoyé une équipe à Massakory pour évaluer la situation. Le renforcement de la surveillance, léducation sanitaire et lamélioration de lhygiène publique se poursuivent. Choléra, République-Unie de Tanzanie. LOMS a signalé 109 cas dont 3 décès entre le 18 mai et le 20 juillet dans les districts de Ilala et Temeke de Dar es Salaam. Le Ministère de la santé met en uvre des mesures de lutte comprenant le traitement par le chlore de toutes les sources deau, la fourniture de matériel médical à tous les centres de traitement du choléra et des mesures déducation sanitaire. Ⅲ
WORLD HEALTH ORGANIZATION Geneva ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTÉ Genève Annual subscription / Abonnement annuel Sw. fr. / Fr. s. 230.– 6.500 1.2001 ISSN 0049-8114 Printed in Switzerland
Cholera, United Republic of Tanzania. WHO has reported 109 cases with 3 deaths between 18 May and 20 July in Ilala and Temeke districts of Dar es Salaam. The Ministry of Health is implementing control measures including chlorination of all water sources, provision of medical supplies to all cholera treatment centres and health education measures. Ⅲ
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Nomenclature for describing the genetic characteristics of wild-type measles viruses (update)1 Part I2 Molecular epidemiological studies of the measles virus have made significant contributions to measles control efforts, by providing a means to identify the source and transmission pathways of the virus. Molecular surveillance is most beneficial when it is possible to observe the change in viral genotypes over time in a particular region. Since this information can help to document the interruption of transmission of measles virus, it provides an important method to assess the effectiveness of vaccination programmes. Molecular characterization of measles viruses is an important component of measles surveillance. It is therefore recommended that viral surveillance be conducted in all areas before accelerated vaccination programmes are initiated. Until 1998, there was no uniform nomenclature or analysis protocol to describe the genetic characteristics of wildtype measles viruses. In the spring of 1998, WHO held a meeting to address these issues. A uniform nomenclature for naming of strains and describing genotypes was adopted. At that time, 15 genotypes were recognized. Also, a uniform analysis protocol was established so that sequence data would be directly comparable between laboratories. This standardization has allowed for more efficient communication between the laboratories conducting molecular characterization of wild-type strains and provided epidemiologists and public health officials with a consistent nomenclature to describe cases, outbreaks and epidemics. The objectives of this article are to review key recommendations from the WHO meeting of 1998, to update the list of recognized genotypes, to recommend more defined guidelines for designating new genotypes and to provide a brief update of measles molecular epidemiological studies since 1998. Although measles is serologically a monotypic virus, sequence analysis of the haemagglutinin (H) and nucleoprotein (N) genes has shown that distinct lineages of wild-type viruses exist and cocirculate. Of the 6 genes comprising the viral genome, the H and N genes are the most variable with approximately 7% nucleotide variability between the most distantly related viruses. The single most variable part of the measles genome is the 450 nucleotides that code for the COOH-terminus of the N protein. Nucleotide variability in this region can exceed 12% between viruses from different genotypes, although the biological significance of this variation is not clear. Most molecular epidemiological studies of measles virus have used sequences derived from the N and/or H genes.
Nomenclature relative à la description des caractéristiques génétiques des virus rougeoleux sauvages (mise à jour)1 Partie II2 Létude de lépidémiologie moléculaire du virus rougeoleux a apporté une contribution importante aux efforts de lutte contre la rougeole en offrant un moyen didentifier la source et les voies de transmission du virus. La surveillance moléculaire présente le maximum dintérêt lorsquil est possible dobserver les modifications des génotypes viraux au cours du temps dans une région donnée. Comme cette information peut aider à documenter linterruption de la transmission du virus rougeoleux, elle constitue un outil majeur dévaluation de lefficacité des programmes de vaccination. La caractérisation moléculaire des virus rougeoleux est un élément important de la surveillance de la rougeole. Il est donc recommandé de procéder à une surveillance virologique en toutes régions avant de mettre en oeuvre des programmes de vaccination accélérés. Jusquen 1998, il nexistait pas de nomenclature ni de protocole danalyse uniformes pour décrire les caractéristiques génétiques des virus rougeoleux sauvages. Au printemps 1998, lOMS a organisé une réunion chargée dexaminer ces questions. Une nomenclature uniforme pour désigner les souches et décrire les génotypes a été adoptée. A cette époque, 15 génotypes ont été reconnus. Un protocole danalyse uniforme a également été établi de façon à assurer la comparabilité directe des données de séquençage dun laboratoire à lautre. Une telle standardisation permet aux laboratoires qui procèdent à la caractérisation moléculaire des souches sauvages de communiquer plus efficacement, et aux épidémiologistes et aux responsables de la santé publique de disposer dune nomenclature uniforme pour décrire les cas, les flambées et les épidémies. Le présent article a pour objectif dexaminer les principales recommandations de la réunion OMS de 1998, de mettre à jour la liste des génotypes reconnus, de recommander des directives plus détaillées pour la désignation des nouveaux génotypes et de fournir un bref aperçu des études dépidémiologie moléculaire de la rougeole réalisées depuis 1998. Bien que du point de vue sérologique il nexiste quun seul type de virus, lanalyse de la séquence des gènes de lhémagglutinine (H) et de la nucléoprotéine (N) a montré quil existe des lignées distinctes de virus sauvages qui circulent en même temps. Parmi les 6 gènes que compte le génome viral, les gènes H et N sont les plus variables, avec une variabilité nucléotidique atteignant 7% entre les virus apparentés les plus éloignés. La région la plus variable du génome du virus rougeoleux est la séquence de 450 nucléotides qui code lextrémité C-terminale de la protéine N. La variabilité nucléotidique dans cette région peut dépasser 12% entre virus appartenant à des génotypes différents, même si on ne connaît pas bien la signification biologique de cette variation. La plupart des études dépidémiologie moléculaire portant sur le virus rougeoleux ont utilisé des séquences dérivées des gènes N et/ou H.
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See No. 35, 1998, pp. 265-269. Part II will be published in No. 33 on 17 August 2001.
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Voir No 35, 1998, pp. 265-269. La Partie II paraîtra dans le No 33 du 17 août 2001.
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WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO. 32, 10 AUGUST 2001
Convention for naming of strains This section has not changed from the 1998 report. Wildtype measles isolates are named using a system that is similar to the one currently used for influenza viruses and mumps viruses. The strain names provide information that is essential for interpretation of the molecular data. Since sequence data may be derived from viruses isolated in cell culture or from RNA extracted directly from clinical material, strains or sequences will be designated as either: MVi: measles virus isolate in cell culture; or MVs: measles virus sequence derived from RNA extracted from clinical material. Other data to be included in the strain/sequence name are: city or state/province where the case was diagnosed, write full name or abbreviate (required); country, use WHO 3 letter designation (required); date of specimen collection by epidemic week (1-52) and year (required); isolate number if more than 1 per epidemic week in same location (optional); genotype (optional initially, required after sequencing of at least 450 nucleotides of the N gene is completed); special designation for sequences derived from measles inclusion body encephalitis (MIBE) or subacute sclerosing panencephalitis (SSPE) cases (optional).
Convention concernant la désignation des souches Cette section na pas changé depuis le rapport de 1998. Les isolements de virus rougeoleux sauvages sont désignés suivant un système analogue à celui actuellement utilisé pour les virus grippaux et les virus ourliens. La désignation des souches fournit une information indispensable à linterprétation des données moléculaires. Les données relatives aux séquences pouvant être obtenues à partir de virus isolés en culture cellulaire ou à partir dARN extrait directement de matériel clinique, les souches ou les séquences seront donc désignées de la manière suivante: MVi: isolement de virus rougeoleux en culture cellulaire; ou MVs: séquence de virus rougeoleux obtenue à partir dARN extrait de matériel clinique. Dautres informations doivent figurer dans la désignation de la séquence/de la souche: ville ou Etat/province où a été pratiqué lisolement: nom en entier ou en abrégé (obligatoire); pays: utiliser la désignation OMS en 3 lettres (obligatoire); date de recueil du prélèvement: numéro de la semaine (1-52) et année (obligatoire); numéro de lisolement sil en existe plus dun par semaine (facultatif); génotype (facultatif au début, obligatoire après le séquençage dau moins 450 nucléotides du gène N); désignation particulière pour les séquences obtenues à partir de cas dencéphalite postrougeoleuse à inclusions (en anglais MIBE = measles inclusion body encephalitis) ou de panencéphalite sclérosante subaiguë (PESS) (en anglais SSPE = subacute sclerosing panencephalitis) (facultatif). Les exemples suivants sont conformes à la nomenclature actuelle:
The following examples illustrate the current nomenclature:
MVi/NewYork.USA/3.98/2 [D2]; MVs/London.UNK/17.97 [G3] SSPE. Epidemiology and logistics It is important to include viral surveillance in all phases of measles control. Attempts should be made to obtain specimens for virus isolation or RT-PCR at first contact with a suspected case while serum samples are being obtained for serological diagnosis and case-confirmation. So that the molecular data can be interpreted properly, appropriate epidemiological data must accompany all clinical specimens. WHO has published a Manuel for the laboratory diagnosis of measles viral infection3 that includes detailed instructions for obtaining clinical specimens and the amount of virological surveillance that is required at each phase of measles control. For example, in areas that are in the measles elimination phase, the goal will be to obtain appropriate specimens from each chain of transmission. In areas that are in the measles control and mortality reduction phase, representative samples should be obtained from outbreaks. 3
MVi/New York. USA/03.98/2 [D2]; MVs/London.UNK/17.97[G3] SSPE. Epidémiologie et logistique Il importe dintégrer un élément de surveillance virale à chaque étape de la lutte contre la rougeole. On essaiera dobtenir des prélèvements en vue de lisolement du virus ou de la RT-PCR lors du premier contact avec un cas suspect et on réalisera des prélèvements de sérum pour le diagnostic sérologique et la confirmation du cas. Pour pouvoir interpréter correctement les données moléculaires, tous les échantillons cliniques doivent être accompagnés des données épidémiologiques utiles. LOMS a publié un manuel pour le diagnostic en laboratoire dinfections virales rougeoleuses3 dans lequel on trouvera des instructions détaillées pour le prélèvement des échantillons cliniques et le degré de surveillance virologique nécessaire à chaque étape de la lutte contre la rougeole. Par exemple, dans les régions qui en sont au stade de lélimination de la rougeole, le but sera dobtenir des échantillons représentatifs de chacune des chaînes de transmission. Dans les régions qui en sont au stade de la lutte antirougeoleuse et de la réduction de la mortalité, on se procurera des échantillons représentatifs lors de flambées. 3
Document WHO/V&B/00.16, available from the VAB documentation centre, World Health Organization, 1211 Geneva 27, Switzerland.
Manual for the laboratory diagnosis of measles viral infection. Document WHO/V&B/00.16 (anglais seulement) disponible au Centre de documentation de VAB, Organisation mondiale de la Santé, 1211 Genève 27, Suisse. 243
RELEVE EPIDEMIOLOGIQUE HEBDOMADAIRE, No 32, 10 AOÛT 2001
The WHO global laboratory network for measles is being formed and will be based on a 3-tiered system similar to that currently in place for polio. This includes national, regional and global reference laboratories. These laboratories will support serological diagnosis of measles infection and virus isolation. The national laboratories will support collection and storage of specimens for virus isolation and some national laboratories will perform virus isolation. Regional reference laboratories will serve as reference centres for the national laboratories in their areas and provide training, advice and quality control in these laboratories. Sequencing and other molecular techniques will most likely be performed at some of the regional laboratories or at the global laboratory level. Global laboratories will provide quality assurance of national and regional laboratories by supplying standardized reference reagents, conducting regular proficiency tests and assessing laboratory performance. WHO measles strain banks have been established at the Measles Virus Section, Centers for Disease Control and Prevention (CDC), Atlanta (United States) and at the Central Public Health Laboratory, London (United Kingdom) to acquire, analyse, store and dispense representative strains.
Le réseau mondial de laboratoires OMS de la rougeole est en cours de constitution et reposera sur une structure en 3 degrés analogue à celle qui existe déjà pour la poliomyélite, avec des laboratoires de référence nationaux, régionaux et mondiaux. Ces laboratoires se chargeront du diagnostic sérologique de linfection rougeoleuse et de lisolement du virus. Les laboratoires nationaux se chargeront du recueil et de la conservation des échantillons destinés à lisolement du virus et certains dentre eux réaliseront cet isolement. Les laboratoires régionaux serviront de centres de référence pour les laboratoires nationaux de leur région, pour lesquels ils assureront la formation, le conseil et le contrôle de qualité. Les techniques moléculaires, notamment le séquençage, seront très probablement réalisées dans certains des laboratoires régionaux ou au niveau du laboratoire mondial. Les laboratoires mondiaux fourniront lassurance de qualité des laboratoires nationaux et régionaux en leur distribuant des réactifs de référence standardisés, en procédant régulièrement à des tests daptitude et en évaluant la qualité de leur pratique. Des banques de souches de virus rougeoleux de lOMS ont été établies au sein de la section concernant le virus rougeoleux des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) dAtlanta (Etats-Unis dAmérique) et au Central Public Health Laboratory de Londres (Royaume-Uni) dans le but dacquérir, danalyser, de conserver et de distribuer les souches représentatives.
Sequencing and laboratory issues Virus isolation should be performed using the most sensitive cell line available. The preferred cell line is B95a, but other cell lines of equivalent sensitivity may also be used. Once a virus has been isolated in a particular cell line, it is recommended that subsequent passages be in the same cell line. For example, viruses that have been isolated and passaged in B95a cells do not readily adapt to growth in Vero cells. When appropriate, RT-PCR can be used to amplify measles genes directly from clinical specimens. The minimum amount of sequence data required for genotyping a measles virus isolate or clinical specimen will be the 450 nucleotides that code for the COOH-terminal 150 amino acids of the N protein. Complete H gene sequences should be obtained from representative strains or if a new genotype is suspected. The minimum amount of sequence information that should be submitted to GenBank should be at least the 450 nucleotides of the COOH-terminus of the N gene and the WHO strain name and genotype should be included as an identifier in the GenBank entry. Sequence data should also be submitted to one of the WHO strain banks, preferably at the same time that it is submitted to GenBank.
Questions relatives au séquençage et au laboratoire On procédera à lisolement du virus en utilisant la lignée cellulaire la plus sensible dont on dispose. La lignée cellulaire de choix est la lignée B95a, mais on peut également utiliser dautres lignées cellulaires de sensibilité équivalente. Une fois le virus isolé dans une lignée cellulaire donnée, il est recommandé de procéder aux passages ultérieurs sur la même lignée. Par exemple, des virus qui ont été isolés et qui ont fait lobjet de passages en cellules B95a ne sadaptent pas facilement à la multiplication en cellules Vero. Si indiqué, on se servira de la RT-PCR pour amplifier directement les gènes viraux à partir des prélèvements cliniques. La séquence minimale nécessaire pour génotyper un isolement de virus rougeoleux ou un prélèvement clinique sera représentée par les 450 nucléotides qui codent les 150 acides aminés de lextrémité C-terminale de la protéine N. Le gène H sera entièrement séquencé pour des souches représentatives ou si lon pense être en présence dun nouveau génotype. Les données minimales du séquençage à fournir à la GenBank concernent au moins les 450 nucléotides codant lextrémité C-terminale du gène N. La désignation de la souche ou de la séquence devra figurer comme identificateur dans lentrée correspondante de la GenBank. Des données de séquençage devront également être soumises à lune des banques de souches de lOMS, de préférence en même temps quà la GenBank.
Sequence analysis The terms, clades and genotypes are used to describe the genetic characteristics of wild-type measles viruses. For molecular epidemiological purposes, the genotype designations will be the operational taxonomic unit while the clades will be used to indicate the genetic relationship between the various genotypes. Based on currently available published and unpublished information, there are 8 clades designated A, B, C, D, E, F, G, H. Within these 8 clades, there are 20 genotypes and 1 proposed new genotype (g3). Genotypes are designated A, B1, B2, B3, C1, C2, D 1, D2, D3, D4, D5, 244
Séquençage On utilise les termes de clades et de génotypes pour décrire les caractéristiques génétiques des virus rougeoleux sauvages. Pour les besoins de lépidémiologie moléculaire, la désignation du génotype sera lunité taxonomique opérationnelle, tandis que les clades serviront à indiquer la relation génétique entre les divers génotypes. Daprès les données existantes, publiées ou non, il existe 8 clades désignés par les lettres A, B, C, D, E, F, G, H. Ces 8 clades représentent 20 génotypes et 1 nouveau génotype proposé (g3). Les génotypes sont désignés par A, B1, B2, B3, C1, C2, D1, D2, D3, D4, D5, D6, D7, D8, E, F, G1, G2, H1 et H2 (Tableau 1). Certains clades ne comportent WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO. 32, 10 AUGUST 2001
Table 1. Reference strains to be used for genetic analysis of wild-type measles viruses, 2001 Tableau 1. Souches de référence à utiliser pour l’analyse génétique des virus rougeoleux sauvages, 2001 Genotype Génotype A B1 B2 B3 C1 C2 D1 D2 D3 D4 D5 D6 D7 D8 E F G1 G2 g3d H1 H2 a b
Status a Etata Active Active Active Active Active Active Inactive Active Active Active Active Active Active Active Inactive Inactive Inactive Active Active Active Active
Reference strains (MVi)b Souches de référence (MVi)b Edmonston-wt.USA/54 Yaounde.CAE/12.83 “Y-14” Libreville.GAB/84 “R-96” New York.USA/94 Ibadan.Nie/97/1 Tokyo.JPN/84/K c Maryland.USA/77 “JM” Erlangen.DEU/90 “WTF” Bristol.UNK/74 (MVP) Johannesburg.SOA/88/1 Illinois.USA/89/1 “Chicago-1” Montreal.CAN/89 Palau.BLA/93 Bangkok.THA/93/1 New Jersey.USA/94/1 Victoria.AUS/16.85 Illinois.USA/50.99 Manchester.UNK/30.94 Goettingen.DEU/71 “Braxator” MVs/Madrid.SPA/94 SSPE Berkeley.USA/83 Amsterdam.NET/49.97 MVs/Victoria.AUS/24.99 Hunan.CHN/93/7 Beijing.CHN/94/1
H gene accession Accession au gène H U03669 AF079552 AF079551 L46752 AJ239133 AY047365 M81898 Z80808 Z80805 AF085198 M81895 AF079554 L46757 AF009575 L46749 AF247202 AY043461 U29285 Z80797 Z80830 AF079553 AF171231 AF353621 AF045201 AF045203
N gene accession Accession au gène N U01987 U01998 U01994 L46753 AJ232203 AY043459 M89921 X84872 D01005 U64582 U01977 U01976 L46758 AF079555 L46750 AF243450 AY037020 AF280803 X84879 X84865 U01974 AF171232 AF353622 AF045212 AF045217
Active genotypes have been isolated within the past 15 years. – Les génotypes actifs ont été isolés au cours des 15 dernières années. WHO name. Other names that have been used in the literature appear in quotations. – Désignation OMS. Les autres désignations utilisées dans les publications sont indiquées entre guillemets. c The related virus, MVi/Tokyo.JPN/84/K, has been substituted for the previous reference strain from genotype C1.– Le virus apparenté MVi/Tokyo.JPN/84/K a été indiqué en remplacement de la souche de référence précédente pour le génotype C1. d Proposed new genotype, pending isolation of reference strain. – Nouveau génotype proposé, dans l’attente de l’isolement de la souche de référence.
D6, D7, D8, E, F, G1, G2, H1 and H2 (Table 1). Some clades contain only 1 genotype and, in this case, the genotype designation will be the same as the clade name. Other clades, such as clade D, contain multiple genotypes, which will be designated by using the clade letter (in upper case) and genotype number (e.g. D1, D2, etc.). Several of the genotypes (E, F, G1, D1) appear to be extinct or inactive but, since measles surveillance is still incomplete, their sequences should be included in the set of reference sequences for completeness. The new genotypes that have been assigned since the WHO meeting of 1998 are B3, D7, D8, G1 (formerly G), G2, H1 (formerly H) and H2, and these will be described in detail below. With the exception of genotype F, all the genotypes have an assigned reference strain, which is currently available from the WHO measles strain banks. The reference strains were chosen to represent the earliest isolation of virus from each genotype. The sequence for genotype F, based on sequences obtained from 2 cases of SSPE, is being retained because it provides the only documentation of this genotype, which represents viruses that circulated in Madrid (Spain) in the mid-1960s. However in the future, designation of new genotypes must be based on sequence information from viral isolates and not sequences obtained solely from clinical material. RELEVE EPIDEMIOLOGIQUE HEBDOMADAIRE, No 32, 10 AOÛT 2001
quun seul génotype et dans ce cas la désignation du clade et du génotype est alors identique. Dautres, comme le clade D, sont représentés par plusieurs génotypes, désignés par la lettre du clade (en majuscule) et le numéro du génotype (par exemple, D1, D2, etc.). Plusieurs génotypes (E, F, G1, D1) semblent disparus ou inactifs mais, la surveillance de la rougeole étant à lheure actuelle encore incomplète, leurs séquences seront incluses dans la série de séquences de référence pour que celle-ci soit complète. Les nouveaux génotypes reconnus depuis la réunion OMS de 1998 sont B3, D7, D8, G1 (anciennement G), G2, H1 (anciennement H) et H2 ; ils sont décrits en détail plus bas.
A lexception du génotype F, tous les génotypes correspondent à une souche de référence actuellement disponible auprès des banques de souches de virus rougeoleux de lOMS. Les souches de référence ont été choisies de façon à représenter le premier isolement de virus de chaque génotype. La séquence du génotype F, basée uniquement sur les séquences obtenues à partir de 2 cas de PESS, a néanmoins été retenue, car il sagit des seules traces existantes de ce génotype, qui correspond aux virus qui circulaient à Madrid (Espagne) au milieu des années 60. Cependant, à lavenir, la désignation des nouveaux génotypes devra sappuyer sur les séquences obtenues à partir disolements viraux et non à partir des seuls prélèvements cliniques. 245
New genotypes Since the publication of a standardized nomenclature for describing the characteristics of wild-type measles viruses in 1998, the list of recognized genotypes has grown from 15 to 20. Analysis of a large number of recent measles isolates from Ghana and Nigeria has resulted in the division of clade B into 3 genotypes (B1, B2, B3) rather than 2. Two reference strains were assigned to genotype B3. Likewise, clade H is now divided into 2 genotypes (H1 and H2). Genotype H1 has been the only genotype detected in China and H1 viruses were isolated during the recent, large outbreak in the Republic of Korea. So far, genotype H2 viruses have only been detected in Viet Nam. Until recently, the only viruses representing genotype G had been isolated in 1983 and this genotype was considered to be inactive. In 1997, a virus belonging to clade G was isolated from a child from Indonesia that was being treated at a hospital in the Netherlands. The H and N sequences of this virus were sufficiently different from the reference strain to be considered as a new genotype (G2) within clade G. Viruses belonging to genotype G2 have recently been isolated in Indonesia and Malaysia. In addition, very recent RT-PCR and sequence analyses of clinical specimens obtained from measles cases imported into Australia have indicated that viruses circulating in East Timor represent a third genotype within clade G. A proposed new genotype, g3, has been listed in Tables 1 and 2 for completeness. However, the genotype designation will not be final until a reference strain is isolated. Efforts to isolate a reference strain from g3 are in progress. Viruses in genotype D7 were recently detected in a collection of measles strains from Victoria, Australia. The D7 viruses were circulating in Victoria between 1985 and 1989. More recently, viruses in genotype D7 have been associated with importations into Australia, Canada, El Salvador, the United Kingdom and the United States, and appear to be endemic in Germany. An additional reference sequence has been provided to represent the sequence of the more recent genotype D7 viruses. Recent analyses of wild-type measles strains circulating in Nepal and from sporadic cases in Ethiopia and India have detected another new genotype within clade D: D8. The earliest isolate of a genotype D8 virus was in the United Kingdom in 1994, and D8 viruses have been associated with imported measles cases in Australia, Canada and the United States.
Nouveaux génotypes Depuis la publication dune nomenclature standardisée pour la description des caractéristiques des virus rougeoleux sauvages en 1998, le nombre de génotypes reconnus est passé de 15 à 20. Lanalyse dun grand nombre disolements récents de virus rougeoleux en provenance du Ghana et du Nigéria a conduit à diviser le clade B en 3 génotypes (B1, B2, B3) au lieu de 2. Deux souches de référence ont été classées dans le génotype B3. De même, le clade H est maintenant divisé en 2 génotypes (H1 et H2). Le génotype H1 est le seul génotype détecté en Chine et des virus H1 ont été isolés au cours de la récente flambée de grande ampleur survenue en République de Corée. Jusquà présent, les virus appartenant au génotype H2 nont été détectés quau Viet Nam. Jusquà une époque récente, les seuls virus représentant le génotype G avaient été isolés en 1983 et ce génotype était considéré comme inactif. En 1997, un virus appartenant au clade G a été isolé chez un enfant venant dIndonésie et traité dans un hôpital des Pays-Bas. Les séquences H et N de ce virus étaient suffisamment différentes de celles de la souche de référence pour que le virus soit considéré comme un nouveau génotype (G2) au sein du clade G. Des virus appartenant au génotype G2 ont récemment été isolés en Indonésie et en Malaisie. De plus, des analyses récentes par RT-PCR et par séquençage déchantillons cliniques prélevés chez des cas de rougeole importés en Australie ont indiqué que des virus circulant au Timor oriental représentaient un troisième génotype au sein du clade G. Un nouveau génotype proposé, g3, a été mentionné dans les Tableaux 1 et 2 afin que ceux-ci soient complets. Cependant, la désignation du génotype ne sera pas finale tant quune souche de référence ne sera pas isolée. On sefforce actuellement disoler une souche de référence pour ce génotype. Des virus du génotype D7 ont été récemment détectés dans une collection de souches de virus rougeoleux de lEtat de Victoria (Australie). Les virus D7 circulaient dans lEtat de Victoria entre 1985 et 1989. Plus récemment, des virus du génotype D7 ont été associés à des importations de cas en Australie, au Canada, en El Salvador, aux Etats-Unis dAmérique et au Royaume-Uni, et ils semblent endémiques en Allemagne. Une nouvelle séquence de référence a été fournie, représentant la séquence des virus D7 récents. Des analyses récentes des souches de virus rougeoleux sauvage circulant au Népal ainsi que de cas sporadiques survenus en Ethiopie et en Inde ont permis de détecter un autre nouveau génotype au sein du clade D, le génotype D8. Le premier isolement dun virus de génotype D8 a été réalisé au Royaume-Uni en 1994, et des virus D8 ont été associés à des cas importés de rougeole en Australie, au Canada et aux Etats-Unis dAmérique.
Designation of new genotypes At the meeting in 1998, no criteria were established for the designation of new genotypes other than that the new genotype should have an available reference strain. At this time, it is necessary to establish a more defined set of criteria for designation of new genotypes. It is strongly recommended that when laboratories identify what appears to be a previously undescribed genotype, that they communicate this information to the WHO strain bank at CDC prior to submitting the data for publication. CDC will then assign the proposed new genotype designation, if appropriate. This is the best way to avoid the confusion that could be caused by simultaneous discovery of a new genotype by multiple laboratories. If the standardized nomenclature is 246
Désignation des nouveaux génotypes Lors de la réunion de 1998, aucun critère navait été établi pour la désignation des nouveaux génotypes, à lexception dun seul: le nouveau génotype doit correspondre à une souche de référence disponible. Il est maintenant nécessaire détablir une série définie de critères pour la désignation des nouveaux génotypes. Il est vivement recommandé que, lorsque des laboratoires identifient des virus qui semblent correspondre à un génotype nayant pas encore été décrit, ils communiquent cette information à la banque de souches de lOMS aux CDC avant de la soumettre pour publication. Les CDC attribueront alors le cas échéant une désignation au nouveau génotype proposé. Il sagit du meilleur moyen déviter la confusion qui pourrait résulter de la découverte simultanée dun nouveau génotype par plusieurs laboratoires. Pour que la nomenclature WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO. 32, 10 AUGUST 2001
to continue to be useful to epidemiologists and public health officials, laboratories must do whatever is possible to avoid confusion or inconsistencies in the literature. Proposed genotypes should be listed using lower-case letters until the genotype is recognized in a WHO publication. Before a new genotype is proposed the following molecular biological and epidemiological criteria should be met: (a) Sequence obtained for COOH-terminus of N (450 nt) and full length H open reading frame. (b) Minimum nucleotide divergence of 2.5% for COOH-N and 2.0% for H from the next most closely related strain. (c) Phylogenetic tree topologies are similar for both the N and H genes when using at least 2 different analysis protocols (i.e. maximum parsimony and maximum likelihood). The new genotype should be supported by bootstrap confidence levels of at least 95%. (d) New genotype is based on a series of viral isolates or specimens rather than a single sample. (e) New genotype is based on sequences obtained from at least 1 viral isolate and the new genotype has an available reference strain (earliest isolate for the genotype). (f) New genotype should be useful from an epidemiological standpoint. That is, the new genotype should increase our ability to identify the source of infection or trace transmission pathways.
standardisée conserve son utilité pour les épidémiologistes et les responsables de la santé publique, les laboratoires doivent faire tout leur possible pour éviter toute confusion ou incohérence dans les publications. Les génotypes proposés seront indiqués par des lettres minuscules jusquà ce quils soient reconnus dans une publication de lOMS. Avant toute proposition de nouveaux génotypes, les critères biologiques et épidémiologiques suivants devront être remplis: a) séquençage de lextrémité C-terminale du gène N (450 nt) et de la totalité du cadre de lecture ouvert du gène H; b) différence nucléotidique minimale de 2,5% pour lextrémité Cterminale du gène N et 2,0% pour le gène H par rapport à la souche la plus étroitement apparentée; c) topologie de larbre phylogénétique analogue pour les gènes N et H selon au moins 2 protocoles danalyse différents (parcimonie maximale et vraisemblance maximale). Le nouveau génotype doit être étayé par des niveaux de confiance dau moins 95% selon la méthode des «bretelles»; d) le nouveau génotype est fondé sur une série disolements viraux ou déchantillons et non sur un échantillon unique; e) le nouveau génotype est fondé sur des séquences obtenues à partir dau moins 1 isolement viral et il correspond à une souche de référence disponible (premier isolement obtenu pour le génotype); f) le nouveau génotype doit être utile du point de vue épidémiologique, cest-à-dire offrir une meilleure possibilité didentifier la source dinfection ou de retracer les voies de transmission.
Standardization Since it was published by WHO in August 1998, most authors have used the recommended nomenclature to describe strain names and genotypes. Unfortunately, many of these laboratories are still not following the recommended analysis protocol, which requires sequence to be obtained from at least the 450 nucleotides coding for the COOH terminus of the N protein. These laboratories have either sequenced fewer bases of the N gene or sequenced regions of other genes. This has caused difficulty in building a universally accessible database. Ⅲ
Standardisation Depuis sa publication par lOMS en août 1998, la nomenclature recommandée pour décrire les noms de souche et les génotypes est utilisée par la plupart des auteurs. Malheureusement, nombre de laboratoires ne suivent pas encore le protocole danalyse recommandé, qui exige dobtenir la séquence dau moins les 450 nucléotides codant lextrémité C-terminale de la protéine N. Ces laboratoires ont soit séquencé un plus petit nombre de bases du gène N soit séquencé des régions dautres gènes. Ces approches ont entraîné des difficultés dans lélaboration dune base de données universellement accessible. Ⅲ
Influenza Brazil (21 July 2001).1 Influenza activity remained at regional level during the third week of June, was mainly detected in the southern region and has mostly affected children. Outbreaks have been associated with influenza A and B viruses. One influenza B virus was of a B/Yamanashi/166/ 98-like strain. Other reports. Influenza activity was sporadic in Australia2 and Canada.3 Ⅲ 1 2 3
Grippe Brésil (21 juillet 2001).1 Lactivité grippale sest maintenue à un niveau régional au cours de la troisième semaine de juin, a été dépistée dans le sud du pays et a principalement touché les enfants. Les flambées ont été associées aux virus grippaux A et B. Un des virus grippaux B était de souche analogue à B/Yamanashi/166/98. Autres rapports. Lactivité grippale a été sporadique en Australie2 et au Canada.3 Ⅲ 1 2 3
See No. 28, 2001, p. 216. See No. 20, 2001, p. 156. See No. 19, 2001, p. 148.
Voir No. 28, 2001, p. 216. Voir No. 20, 2001, p. 156. Voir No. 19, 2001, p. 148. 247
RELEVE EPIDEMIOLOGIQUE HEBDOMADAIRE, No 32, 10 AOÛT 2001
Where to obtain the WER through Internet (1) WHO WWW SERVER: Use WWW navigation software to connect to the WER pages at the following address: http://www.who.int/wer / (2) E-MAIL LIST: An automatic service is available for receiving notification of the contents of the WER and short epidemiological bulletins. To subscribe, send an e-mail message to majordomo@who.ch. The subject field may be left blank and the body of the message should contain only the line subscribe wer-reh. Subscribers will be sent a copy of the table of contents of the WER automatically each week, together with other items of interest.
Comment accéder au REH sur Internet? 1) Par le serveur Web de l’OMS: A l’aide de votre logiciel de navigation WWW, connectez-vous à la page d’accueil du REH à l’adresse suivante: http://www.who.int/wer/ 2) Par courrier électronique: Un service automatique de distribution du sommaire du REH et de brefs bulletins épidémiologiques est disponible par courrier électronique. Pour s’abonner à ce service, il suffit d’envoyer un message à l’adresse suivante: majordomo@who.ch. Le champ «Objet» peut être laissé vide et, dans le corps du message, il suffit de taper subscribe wer-reh. Les abonnés recevront chaque semaine une copie du sommaire du REH, ainsi que d’autres informations susceptibles de les intéresser.
Health administrations are reminded that under the provisions of Article 3 of the International Health Regulations they should notify the Organization within 24 hours of being informed that the first case of a disease subject to the Regulations has occurred in their territory. The infected area should be notified within the subsequent 24 hours if not already communicated.
Il est rappelé aux administrations sanitaires qu’aux termes de l’article 3 du Règlement sanitaire international elles doivent adresser une notification à l’Organisation dans les 24 heures, dès qu’elles sont informées qu’un premier cas d’une maladie soumise au Règlement a été signalé dans une zone de leur ressort. Dans les 24 heures qui suivent, elles adressent notification de la zone infectée si elle n’a pas encore été communiquée.
INTERNATIONAL HEALTH REGULATIONS / RÈGLEMENT SANITAIRE INTERNATIONAL Notifications of diseases received from 3 to 9 August 2001 / Notifications de maladies reçues du 3 au 9 août 2001 Cholera / Choléra Cases / Deaths Cases / Deaths Cas / Décès
Cas / Décès Africa / Afrique Benin / Bénin 21.VII-2.VIII ........................................................ 560 39 Chad /Tchad 16-31.VII ........................................................ 680 14 South Africa/Afrique du Sud 11.VI-4.VIII ........................................................ 16 504 65
Togo 9-16.VII ........................................................ 55 Asia / Asie Afghanistan 13.V-18.VII ........................................................ 3 376
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Areas removed from the infected area list between 3 and 9 August 2001 / Zones supprimées de la liste des zones infectées entre le 3 et le 9 août 2001 For criteria used in compiling this list, see No. 30, 2001, p. 232. / Les critères appliqués pour la compilation de cette liste sont publiés dans le No 30, 2001, p. 232.
Cholera / Choléra Americas / Amériques El Salvador Central Region Metropolitan Region Occidental Region Oriental Region Paracentral Region Guatemala Alta Verapaz Department Peru /Pérou Apurimac Department Huancavelica Department
Newly infected areas from 3 to 9 August 2001 / Zones nouvellement infectées entre le 3 et le 9 août 2001 For criteria used in compiling this list, see No. 30, 2001, p. 232. / Les critères appliqués pour la compilation de cette liste sont publiés dans le No 30, 2001, p. 232.
Cholera / Choléra Americas / Amériques Brazil / Brésil Bahia State El Salvador Ahuachapán Department Chalatenango Department Cuscatlán Department La Libertad Department La Paz Department San Miguel Department San Salvador Department Santa Ana Department Sonsonate Department
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