Widespread transmission of circulating vaccine-derived poliovirus identified by environmental surveillance and immunization response, Horn of Africa, 2017–2018– Vaste transmission de poliovirus circulants dérivés d’une souche vaccinale identifiée par la surveillance environnementale et riposte par la vaccination dans la Corne de l’Afrique, 2017-2018

477 Widespread transmission of circulating vaccine- derived poliovirus identified by environmental surveillance and immunization response, Horn of Africa, 2017–2018 Victor A. Eboh,a Jeevan K. Makam,a Rohit A. Chitale,a Chukwuma Mbaeyi,a Jaume Jorba,b Derek Ehrhardt,a Elias Durry,a Tracie Gardner,c Kamil Mohamed,d Christopher Kamugisha,e Peter Borusf and Eltayeb Ahmed Elsayedg After declaration of the eradication of wild poliovirus type 2 in 2015, all coun- tries that were using oral poliovirus vaccine (OPV) switched from trivalent OPV (tOPV) (containing types 1, 2 and 3) to bivalent OPV (bOPV) (containing types 1 and 3) in April 2016.1 Vaccine- derived polioviruses (VDPVs) – strains that have diverged from the live vaccine virus during prolonged circulation – can sometimes emerge in areas with inade- quate OPV coverage and can cause outbreaks of paralysis. Before the global switch from tOPV to bOPV, many outbreaks associated with circulating VDPV (cVDPV) identified globally were caused by type 2 cVDPV (cVDPV2). After the switch, 2 large cVDPV2 outbreaks occurred in 2017, one in the Democratic Republic of the Congo (which continues in 2018) and one in the Syrian Arab Republic.2, 3 Ethiopia, Kenya and Somalia comprise much of the Horn of Africa. Performance indicators for acute flaccid paralysis (AFP) surveillance, an indicator of the sensitivity of surveillance for detecting a case of polio, indicate some subnational gaps in these countries, including areas of Somalia that are inaccessible for polio vaccination 1 See No. 31, 2016, pp. 365–380. 2 See No. 15, 2018, pp. 185–194. 3 See No. 19, 2018, pp. 241–248. Vaste transmission de poliovirus circulants dérivés d’une souche vaccinale identifiée par la surveillance environnementale et riposte par la vaccination dans la Corne de l’Afrique, 2017- 2018 Victor A. Eboh,a Jeevan K. Makam,a Rohit A. Chitale,a Chukwuma Mbaeyi,a Jaume Jorba,b Derek Ehrhardt,a Elias Durry,a Tracie Gardner,c Kamil Mohamed,d Christopher Kamugisha,e Peter Borusf et Eltayeb Ahmed Elsayedg Après que le poliovirus sauvage de type 2 a été déclaré éradiqué en 2015, tous les pays qui utilisaient le vaccin antipoliomyélitique oral (VPO) sont passés du VPO trivalent (VPOt, contenant les virus vaccinaux de types 1, 2 et 3) au VPO bivalent (VPOb, conte- nant les types 1 et 3) en avril 2016.1 Les polio- virus dérivés d’une souche vaccinale (PVDV) – qui se sont écartés du virus vaccinal vivant au cours d’une circulation prolongée – peuvent parfois émerger dans des zones où la couverture vaccinale par le VPO est insuf- fisante, et provoquer des flambées de paraly- sie. Avant le passage au niveau mondial du VPOt au VPOb, de nombreuses flambées asso- ciées aux PVDV circulants (PVDVc) recensées dans le monde étaient causées par des PVDVc de sérotype 2 (PVDVc2). Après le remplace- ment du VPOt par le VPOb, 2 importantes flambées de PVDVc2 ont eu lieu en 2017, l’une en République démocratique du Congo (qui se poursuit en 2018), l’autre en République arabe syrienne.2, 3 L’Éthiopie, le Kenya et la Somalie composent la majeure partie de la Corne de l’Afrique. Les indicateurs de performance pour la surveil- lance de la paralysie flasque aigüe (PFA), qui témoignent de la sensibilité de la surveillance pour la détection des cas de poliomyélite, montrent des lacunes au niveau infranational dans ces pays, notamment dans les zones de 1 Voir No 31, 2016, pp. 365-380. 2 Voir No 15, 2018, pp. 185-194. 3 Voir No 19, 2018, pp. 241-248. 478 WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO 37, 14 SEPTEMBER 2018 activities.4, 5 To supplement AFP surveillance, 16 envi- ronmental poliovirus surveillance (sewage sampling) sites have been established (Map 1). Decades of civil unrest and protracted conflict in Soma- lia have weakened the country’s governance and health care infrastructure, and routine vaccination coverage is low (<50%). Several areas of Somalia are controlled by anti-Government elements that ban vaccination services, leaving approximately 500 000 children aged <5 years unvaccinated.4, 5 Furthermore, over 2 million Somalis are internally displaced or live as refugees in neighbouring countries. In October 2017, a VDPV2 isolate was detected from a sewage sample collected from 1 of 4 environmental surveillance sites in Banadir, Somalia. The isolate differed by 38 nucleotides in the VP1 coding region from the parental Sabin 2 strain, indicating undetected circulation for >3 years. Genetically related VDPV2 isolates were detected in November 2017 in a sewage sample from the same site. Subsequent detection of genetically related VDPV2 isolates from sewage samples collected in January 2018 from a second site in Banadir confirmed cVDPV2 transmission. Two vaccination response campaigns with monovalent OPV type 2 (mOPV2) were conducted, in December 2017 and January 2018, targeting children aged <5 years in Banadir and the neighbouring provinces of Middle Shabelle and Lower Shabelle (Map 1); no vaccination was possible in inaccessible areas in these provinces. After detection of a genetically related VDPV2 isolate from a sewage sample collected in February 2018 from a third site in Banadir, a third mOPV2 vaccination campaign was conducted in the same provinces in early May 2018. VDPV2 was not been detected at the fourth sampling site in Banadir. In March 2018, a VDPV2 isolate that differed by 47 nucleotides from the parental Sabin 2 strain was detected in a sewage sample collected in Kamukunji, Nairobi County, in neighbouring Kenya. The isolate was genetically linked to the cVDPV2 isolates detected in Banadir (18–25 nucleotide differences), indicating independent circulation of the Banadir and Nairobi VDPV2 lineages for >1 year. VDPV2 has not been detected in samples collected from the other 3 environ- mental surveillance sites in Nairobi or from sites in other cities in Kenya, although sample collection was irregular. VDPV2 has not been detected in samples from any of the 3 environmental surveillance sites in Ethio- pia. A limited mOPV2 response vaccination campaign was conducted in Nairobi in May 2018, and 2 synchro- nized mOPV2 rounds are scheduled for July and August 2018 in southern and central Somalia, eastern Kenya (including Nairobi) and eastern Ethiopia. In April 2018, cVDPV type 3 (cVDPV3) isolates (15–17 nucleotide differences from parental Sabin 3 strain) were detected in environmental samples from 2 sites in Banadir province. In May 2018, cVDPV3 related Somalie où l’accès en vue des activités de vaccination antipo- liomyélitique est impossible.4, 5 Pour compléter la surveillance de la PFA, 16 sites de surveillance environnementale (échantil- lonnage des eaux usées) ont été établis (Map 1). Des décennies de troubles civils et de conflits prolongés en Somalie ont affaibli la gouvernance nationale et l’infrastructure de soins, et la couverture de la vaccination systématique est faible (<50%). Plusieurs zones de Somalie sont sous le contrôle d’éléments hostiles au gouvernement qui interdisent la vacci- nation, près de 500 000 enfants âgés <5 ans se trouvant ainsi privés de vaccination.4, 5 En outre, plus de 2 millions de Soma- liens sont déplacés à l’intérieur de leur propre pays ou sont réfugiés dans les pays voisins. En octobre 2017, un PVDVc2 a été isolé dans un échantillon d’eaux usées prélevé sur l’un des 4 sites de surveillance environ- nementale de Banadir, en Somalie. Cet isolat se distinguait de la souche Sabin parentale de sérotype 2 par 38 nucléotides de la région codant pour la protéine VP1, indiquant une circulation non détectée depuis >3 ans. Des PVDV2 génétiquement apparen- tés ont été isolés en novembre 2017 dans un échantillon d’eaux usées provenant du même site. La détection ultérieure de PVDV2 génétiquement apparentés, isolés à partir d’échantillons d’eaux usées prélevés en janvier 2018 sur un deuxième site à Banadir ont apporté la confirmation de la transmission de PVDVc2. Deux campagnes de vaccination de riposte ont été menées au moyen du VPO monovalent de type 2 (VPOm2), en décembre 2017 et en janvier 2018, ciblant les enfants <5 ans à Banadir et dans les provinces voisines du Moyen et du Bas Shabelle (Carte 1); aucune vaccination n’a été possible dans les zones inaccessibles de ces provinces. Après l’isolement d’un PVDV2 génétiquement apparenté à partir d’un échantillon d’eaux usées recueilli en février 2018 sur un troisième site à Banadir, une troisième campagne de vaccination par le VPOm2 a été menée dans les mêmes provinces au début de mai 2018. Aucun PVDV2 n’a été détecté sur le quatrième site d’échantillonnage de Banadir. En mars 2018, un PVDVc2 qui se distinguait de la souche Sabin parentale de sérotype 2 par 47 nucléotides, a été détecté dans un échantillon d’eaux usées recueilli à Kamukunji, dans le Comté de Nairobi, au Kenya voisin. L’isolat était génétiquement apparenté aux isolats de PVDVc2 détectés à Banadir (18 à 25 différences de la séquence nucléotidique), témoignant d’une circulation indépen- dante de celle des lignées de PVDV2 détectées à Banadir et Nairobi, pendant >1 an. Aucun PVDV2 n’a été détecté dans les échantillons recueillis à partir des 3 autres sites de surveillance environnemen- tale à Nairobi ou de sites situés dans d’autres villes du Kenya, la collecte d’échantillons n’étant toutefois pas systématique. Le PVDV2 n’a pas non plus été détecté dans les échantillons prove- nant de sites de surveillance environnementale en Éthiopie. Une campagne de vaccination de riposte par le VPOm2, d’envergure limitée, a été menée à Nairobi en mai 2018, et 2 tournées de vacci- nation synchronisées par le VPOm2 sont prévues en juillet et en août 2018 dans le sud et le centre de la Somalie, dans l’est du Kenya (y compris Nairobi) et dans l’est de l’Éthiopie. En avril 2018, des PVDVc de type 3 (15 à 17 différences de la séquence nucléotidique par rapport à la souche Sabin de séro- type 3) ont été isolés dans des échantillons environnementaux provenant de 2 sites de la province de Banadir. En mai 2018, un 4 Mbaeyi C, Kamadjeu R, Mahamud A et al. Progress toward polio eradication – Somalia, 1998–2013. J Infect Dis. 2014;210:S173–80. 5 Kamadjeu R, Mahamud A, Webeck J et al. Polio outbreak investigation and res- ponse in Somalia, 2013. J Infect Dis. 2014;210:S181–6. 4 Mbaeyi C, Kamadjeu R, Mahamud A et al. Progress toward polio eradication – Somalia, 1998– 2013. J Infect Dis. 2014;210:S173–80. 5 Kamadjeu R, Mahamud A, Webeck J et al. Polio outbreak investigation and response in Somalia, 2013. J Infect Dis. 2014;210:S181–6. RELEVE EPIDEMIOLOGIQUE HEBDOMADAIRE, No 37, 14 SEPTEMBRE 2018 479 Map 1 Environmental surveillance sites for detection of polioviruses by outcomes of tests for vaccine-derived poliovirus – Horn of Africa Region, 2017–2018 (as of 7 June 2018) Carte 1 Sites de surveillance environnementale pour la détection des poliovirus et résultats des tests pour les poliovirus dérivés de souches vaccinales – Région de la Corne de l’Afrique, 2017–2018 (au 7 juin 2018)  ! !! 0 400200 km fo s  DAYNILE SHIBIS NORTH 21 OCTOBER WADAJIR (MEDINA) YAQSHID WARTA NABADA (WARDHIGLEY) WABERI SHANGANI HURIWA KARAN HAMAR JAJAB DHARKENLEY HODAN HAWLE WADAG HAMAR WEYNE BONDHERE ABDIAZIZ MIDDLE SHABELLE REGION LOWER SHABELLE REGION Egypan Hospital Twenty-one October Kawma Urobo Kisumu Polytechnic Patel flats Bella Sheikh Mlango wa Papa Kipevu Kamukunji Site 2 Mathare Kamukunji Site 1 Kibera Bole treatment plant Jigjiga University sewage Sheik Ali Gure PROJECTION: WGS 1984 UTM Zone 38S  0 63 km ETHIOPIA – ÉTHIOPIE KENYA SO MA LIA – SO MA LIE SUDAN – SOUDAN SOUTH SUDAN – SOUDAN DU SUD UGANDA – OUGANDA UNITED REPUBLIC OF TANZANIA  RÉPUBLIQUEUNIE DE TANZANIE YEMEN – YÉMEN DJIBOUTI ERITREA – ÉRYTHRÉE    ! !! 0 400200 km fo s  DAYNILE SHIBIS NORTH 21 OCTOBER WADAJIR (MEDINA) YAQSHID WARTA NABADA (WARDHIGLEY) WABERI SHANGANI HURIWA KARAN HAMAR JAJAB DHARKENLEY HODAN HAWLE WADAG HAMAR WEYNE BONDHERE ABDIAZIZ MIDDLE SHABELLE REGION LOWER SHABELLE REGION Egypan Hospital Twenty-one October Kawma Urobo Kisumu Polytechnic Patel flats Bella Sheikh Mlango wa Papa Kipevu Kamukunji Site 2 Mathare Kamukunji Site 1 Kibera Bole treatment plant Jigjiga University sewage Sheik Ali Gure PROJECTION: WGS 1984 UTM Zone 38S  0 63 km ETHIOPIA – ÉTHIOPIE KENYA SO MA LIA – SO MA LIE SUDAN – SOUDAN SOUTH SUDAN – SOUDAN DU SUD UGANDA – OUGANDA UNITED REPUBLIC OF TANZANIA  RÉPUBLIQUEUNIE DE TANZANIE YEMEN – YÉMEN DJIBOUTI ERITREA – ÉRYTHRÉE    ! !! 0 400200 km fo s  DAYNILE SHIBIS NORTH 21 OCTOBER WADAJIR (MEDINA) YAQSHID WARTA NABADA (WARDHIGLEY) WABERI SHANGANI HURIWA KARAN HAMAR JAJAB DHARKENLEY HODAN HAWLE WADAG HAMAR WEYNE BONDHERE ABDIAZIZ MIDD E SHABELLE REGION LOWER SHABELLE REGION Egypan Hospital Twenty-one October Kawma Urobo Kisumu Polytechnic Patel flats Bella Sheikh Mlango wa Papa Kipevu Kamukunji Site 2 Mathare Kamukunji Site 1 Kibera Bole treatment plant Jigjiga University sewage Sheik Ali Gure PROJECTION: WGS 1984 UTM Zone 38S  0 63 km ETHIOPIA – ÉTHIOPIE KENYA SO MA LIA – SO MA LIE SUDAN – SOUDAN S TH SUDAN – SOUDAN DU SUD UGANDA – OUGANDA UNITED REPUBLIC OF TANZANIA  RÉPUBLIQUEUNIE DE TANZANIE YEMEN – YÉMEN DJIBOUTI ERITREA – ÉRYTHRÉE   Type 2 cVDPV detected – PVDVc de type 2 détecté Types 2 and 3 cVDPV detected – PVDVc de types 2 et 3 détectés Negative result – Résultat négatif Ethiopian State, Somalian region, or Kenyan county boundary – État éthiopien, région Somalie, ou frontière du Comté kenyan Area of detail – Zone détaillée Districts of Mogadishu, Banadir Region, Somalia – Districts de Mogadiscio, Région de Banadir, Somalie 480 WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO 37, 14 SEPTEMBER 2018 to the April sewage isolate was identified in stool samples from 2 AFP cases in Middle Shabelle province and 1 AFP case in Hiran province (which consisted of coinfection with cVDPV2). A bOPV response vaccina- tion campaign is planned for the southern and central provinces of Somalia. AFP surveillance has been inten- sified in all 3 countries through active case finding at health facilities and other reporting sites. Further field investigations are ongoing. Affiliations a Global Immunization Division, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta (GA), USA; b Division of Viral Diseases, National Center for Immunization and Respiratory Diseases, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta (GA), USA; c Polio Eradication Department, World Health Organization, Geneva, Swit- zerland; d World Health Organization Regional Office for the Eastern Mediterranean, Amman, Jordan; e World Health Organization, Horn of Africa Coordination Office, Nairobi, Kenya; f World Health Organization, Kenya Country Office, Nairobi, Kenya; g World Health Organiza- tion Liaison Office for Somalia, Nairobi, Kenya (Corre- sponding author: Victor Eboh, nqy1@cdc.gov).  PVDVc3 apparenté à l’isolat prélevé dans les eaux usées en avril a été identifié dans des échantillons de selles provenant de 2 cas de PFA dans la province du Moyen Shabelle et d’un cas de PFA dans la province d’Hiran (un cas de coinfection par le PVDVc2). Une campagne de vaccination de riposte par le VPOb est prévue dans les provinces du sud et du centre de la Somalie. Des efforts d’intensification de la surveillance de la PFA ont été faits dans les 3 pays moyennant une recherche active des cas dans les centres de santé et autres sites de notification. Des recherches plus approfondies se poursuivent sur le terrain. Affiliations des auteurs a Global Immunization Division, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta (GA), États-Unis d’Amérique; b Division of Viral Diseases, National Center for Immunization and Respi- ratory Diseases, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta (GA), États-Unis d’Amérique; c Département Éradication de la poliomyélite, Organisation mondiale de la Santé, Genève, Suisse; d Bureau régional de la Méditerranée orientale de l’Orga- nisation mondiale de la Santé, Amman, Jordanie; e Bureau de coordination pour la Corne de l’Afrique de l’Organisation mondiale de la Santé, Nairobi, Kenya; f Bureau de pays de l’OMS au Kenya, Nairobi, Kenya; g Bureau de liaison de l’Organisation mondiale de la Santé pour la Somalie, Nairobi, Kenya (auteur correspondant: Victor Eboh, nqy1@cdc.gov). .