Genetic diversity of wildtype measles viruses and the global measles nucleotide surveillance database (MeaNS) = La diversité génétique des virus rougeoleux de type sauvage et la base de données MeaNS (Measles Nucleotide Surveillance)

Genetic diversity of wildtype measles viruses and the global measles nucleotide surveillance database (MeaNS)

La diversité génétique des virus rougeoleux de type sauvage et la base de données MeaNS (Measles Nucleotide Surveillance)

Introduction Genetic characterization of circulating wild-type measles viruses is critical for achievement of the measles elimination targets set by the Global Vaccine Action Plan in 2012.1 Measles laboratory surveillance and molecular epidemiological studies provide evidence needed for regional verification of elimination. Measles elimination is defined as the absence of endemic measles transmission in a defined geographical area (e.g. country or regions) for ≥12 months in the presence of a wellperforming surveillance system.2 The WHO framework for the verification of elimination of measles and rubella includes a review of epidemiological and laboratory data.3 To verify the interruption of endemic measles virus transmission in a country or region, viral sequence analysis combined with thorough case investigations are needed to document the absence of endemic genotype(s).

Introduction La caractérisation génétique des virus rougeoleux sauvages circulants est essentielle pour atteindre les cibles relatives à l’élimination de la rougeole fixées dans le Plan d’action mondial pour les vaccins en 2012.1 La surveillance en laboratoire et les études d’épidémiologie moléculaire de la rougeole fournissent les données nécessaires à la vérification de l’élimination à l’échelle régionale. L’élimination de la rougeole est définie comme l’absence de transmission endémique de la rougeole dans une zone géographique donnée (par exemple, une région ou un pays) pendant une période ≥12 mois, en présence d’un système de surveillance efficace.2 Le cadre OMS de vérification de l’élimination de la rougeole et de la rubéole s’appuie sur un examen des données épidémiologiques et de laboratoire.3 Pour vérifier que la transmission endémique du virus de la rougeole a été interrompue dans une région ou un pays donné, il est nécessaire de procéder à une analyse des séquences virales, de même qu’une enquête détaillée sur les cas, pour attester l’absence du ou des génotypes endémiques. En 1998, l’OMS avait défini des méthodes normalisées de désignation et de description des caractéristiques génétiques des virus rougeoleux de type sauvage, ainsi qu’un ensemble de souches de référence, pour déterminer et surveiller la diversité génétique et la répartition mondiale des virus rougeoleux de type sauvage. Ces méthodes ont été revues et

WORLD HEALTH ORGANIZATION Geneva ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTÉ Genève Annual subscription / Abonnement annuel Sw. fr. / Fr. s. 346.– 07.2015 ISSN 0049-8114 Printed in Switzerland

Standard methods for naming and describing the genetic characteristics of wild-type measles viruses and a set of WHO reference strains were defined in 1998 in order to document and monitor the genetic diversity and global distribution of wildtype measles viruses. These procedures were reviewed and updated in 2001, 2003,

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World Health Organization, 2013 - Global vaccine action plan 2011-2020. ISBN 978 92 4 150498 0 http://www.who.int/imm u n i z a t i o n / g l o b a l _ v a c c i n e _ a c t i o n _ p l a n / G VA P _ doc_2011_2020/en/ See No. 49, 2010, pp. 490–495. See No. 9, 2013, pp. 89-100.

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Organisation mondiale de la Santé, 2013 - Plan d’action mondial pour les vaccins 2011-2020. ISBN 978 92 4 150498 0 http://who.int/ immunization/global_vaccine_action_plan/DoV_GVAP_2012_2020/ fr/ Voir No 49, 2010, pp. 490-495. Voir No 9, 2013, pp. 89-100. 373

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2005, 2006, and 2012.4 In 2008, the WHO Global Measles and Rubella Laboratory Network (GMRLN) set up the Measles Nucleotide Surveillance (MeaNS) database to collect and archive measles virus sequences detected from all regions. This report updates previous reports and describes the current list of WHO measles virus reference strains, methods for establishing “named strains”, and the global status and distribution of measles virus genotypes during 2014.

actualisées en 2001, 2003, 2005, 2006 et 2012.4 En 2008, le Réseau mondial OMS de laboratoires de la rougeole et de la rubéole (GMRLN) a créé la base de données Measles Nucleotide Surveillance (MeaNS) pour recueillir et archiver les séquences des virus rougeoleux détectés dans toutes les Régions. Le présent rapport actualise les informations présentées dans les rapports précédents, fournit la liste des souches de référence de virus rougeoleux actuellement utilisée par l’OMS, décrit la méthodologie employée pour définir les «souches désignées», et fait le point sur les génotypes du virus rougeoleux présents dans le monde en 2014 ainsi que sur leur répartition géographique. La base de données MeaNS (http://www.who-measles.org/) a été créée à titre de projet conjoint de la Health Protection Agency (désormais rebaptisée Public Health England, PHE) à Londres (Royaume-Uni) et de l’OMS. Elle contient les données relatives aux séquences des virus rougeoleux, qui sont pour la plupart soumises par les membres du GMRLN ou téléchargées à partir de la base GenBank. La majorité des séquences appartiennent à la région de 450 nucléotides codant pour les 150 acides aminés du groupe carboxyle terminal de la nucléoprotéine (N-450). Cette région constitue la fenêtre minimale recommandée pour le génotypage des virus rougeoleux.5 Cependant, certaines soumissions contiennent la séquence complète du gène de l’hémagglutinine codant pour la protéine et la séquence complète du gène N codant pour la protéine. Pour chaque séquence, l’information nécessaire à l’attribution d’une désignation OMS normalisée6 est recueillie, de pair avec des données épidémiologiques supplémentaires. Le site web de MeaNS contient des informations complémentaires, les documents stratégiques relatifs à la base de données et un manuel d’utilisation. Au 1er juillet 2015, la base MeaNS contenait 24 571 séquences N-450, avec des soumissions provenant de 56 laboratoires répartis dans les 6 Régions de l’OMS. Une base de données mondiale semblable existe pour la rubéole (RubeNS, http://www.who-rubella.org/).

MeaNS (http://www.who-measles.org/) was initiated as a joint project between the Health Protection Agency, London, United Kingdom (now Public Health England, PHE) and WHO. This database collects sequence information submitted mainly by members of GMRLN or downloaded from GenBank. The majority of the sequences are from the 450 nucleotides coding for the carboxyl-terminal 150 amino acids of the nucleoprotein (N-450), which is the recommended minimum sequence window for genotyping measles viruses.5 However, sequences containing the complete protein coding sequence of the haemagglutinin gene and the complete protein coding sequence of the N-gene are also submitted. The information required to generate a standard WHO name6 and additional epidemiologic data are collected for each sequence. Further information, access to policies, and a user manual for MeaNS can be obtained from the website. As of 1 July 2015, MeaNS contains 24 571 N-450 sequences and there have been submissions from 56 laboratories located in all 6 WHO Regions. There is a similar global sequence database for rubella, RubeNS (http://www.who-rubella.org/).

Updating of genotype reference strains The list of wild-type measles virus genotypes recognized by WHO and the reference strains for each genotype are shown in Table 1. The criteria for establishing a new genotype remain the same as those published in 2012, and since then there have been no new genotypes.4 However, genotypes C2, D2, D3, G2 and H2 are now considered inactive since there have been no reports of these genotypes in at least the last 10 years (Table 1). The 24 genotype reference strains are often divergent from the contemporary sequences. However, these reference sequences still provide adequate representation of the different genotypes, so these sequences can be used to assign a genotype to novel sequences with a high level of accuracy. WHO recommends that all sequences from wild-type measles viruses be submitted to MeaNS rather than submitting “representative” sequences, to provide a more comprehensive overview of circulating viruses and temporal and geographical strain distribution. For MeaNS to continue to be an invaluable tool for tracking measles viruses, it is essential that sequences be submit-

Actualisation des souches de référence des génotypes Le Tableau 1 fournit la liste des génotypes des virus rougeoleux de type sauvage reconnus par l’OMS, ainsi que les souches de référence pour chaque génotype. Les critères appliqués à l’établissement d’un nouveau génotype sont les mêmes que ceux qui ont été publiés en 2012, et aucun nouveau génotype n’a été observé depuis lors.4 Cependant, les génotypes C2, D2, D3, G2 et H2 sont désormais considérés comme inactifs car ils n’ont pas été signalés depuis au moins 10 ans (Tableau 1). Les 24 souches de référence des génotypes présentent souvent des divergences par rapport aux séquences actuelles observées. Toutefois, ces séquences de référence permettent encore une représentation adéquate des différents génotypes et peuvent donc servir à attribuer un génotype à de nouvelles séquences avec une grande exactitude. L’OMS préconise la soumission dans MeaNS de toutes les séquences des virus rougeoleux de type sauvage, et non seulement des séquences «représentatives», pour obtenir une vue d’ensemble plus complète des virus circulants et de la répartition temporelle et géographique des souches. Pour que la base de données MeaNS conserve toute son utilité dans la surveillance des virus rougeoleux, il est essentiel que les séquences

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See No. 9, 2012, pp. 73–80. See No. 35, 1998, pp. 265–272.

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Voir No 9, 2012, pp. 73–80. Voir No 35, 1998, pp. 265–272. WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO. 30, 24 JULY 2015

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Table 1  Measles virus genotype reference sequencesa Tableau 1  Séquences de référence des génotypes des virus rougeoleuxa Genotype – Génotype A B1 B2 B3 C1c C2 c c

Last detectedb – Dernière détectionb 2008 1983 2011 Ongoing – Actuel 1992 2004 1986 2005 2004 Ongoing – Actuel 2009 2007 2007 Ongoing – Actuel Ongoing – Actuel 2005 2010 1987 1994 1983 2004 Ongoing – Actuel Ongoing – Actuel 2003

Reference strain – Souche de référence MVi/Maryland.USA/0.54 MVi/Yaounde.CMR./12.83 MVi/Libreville.GAB/0.84 MVi/New York.USA/0.94 MVi/Ibadan.NGA/0.97/1 MVi/Tokyo.JPN/0.84 MVi/Maryland.USA/0.77 MVi/Erlangen.DEU/0.90 MVi/Bristol.GBR/0.74 MVi/Johannesburg.ZAF/0.88/1 MVi/Illinois.USA/0.89/1 MVi/Montreal.CAN/0.89 MVi/Palau.PLW/0.93 MVi/Bangkok.THA/12.93/1 MVi/New Jersey.USA/0.94/1 MVi/Victoria.AUS/16.85 MVi/Illinois.USA/50.99 MVi/Manchester.GBR/30.94 MVi/Victoria.AUS/12.99 MVi/Kampala.UGA/51.00/1 MVi/Menglian.Yunnan.CHN/47.09 MVi/Goettingen.DEU/0.71 MVs/Madrid.ESP/0.94 [SSPE] MVi/Berkeley.USA/0.83 MVi/Amsterdam.NLD/49.97 MVi/Gresik.IDN/18.02 MVi/Hunan.CHN/0.93/7 MVi/Beijing.CHN/0.94/1

GenBank Hd U03669 AF079552 L46753 L46752 AJ239133 AY047365 M81898 Z80808 Z80805 AF085498 M81895 AF079554 L46757 AF009575 L46749 AF247202 AY043461 U29285 AY127853 AY923213 GU440576 Z80797 Z80830 AF079553 AF171231 AY184218 AF045201 AF045203

GenBank Nd U01987 U01998 U01994 L46753 AJ232203 AY043459 M89921 X84872 D01005 U64582 U01977 U01976 L46758 AF079555 L46750 AF243450 AY037020 AF280803 AF481485 AY923185 GU440571 X84879 X84865 U01974 AF171232 AY184217 AF045212 AF045217

D1 D2 D4 D5 D6 D7 D8 D9

c

c

D3c

D10 D11 Ec F c

G1c G2c G3 H1 H2 a

c

All genotype reference sequences can be downloaded from the MeaNS website. – Toutes les séquences de référence peuvent être téléchargées à partir du site web de la base MeaNS. Based on search of the MeaNS database on 20 May, 2015. Excluding vaccine-derived strains, and sequences from subacute sclerosing panencephalitis (SSPE) cases. ‘Ongoing’ genotypes are those that have been detected in the preceding 12 months. – Selon une recherche de la base de données MeaNS effectuée le 20 mai 2015. Exclut les souches dérivées des virus vaccinaux et les séquences provenant de cas de panencéphalite sclérosante subaiguë (PESS). Les génotypes «actuels» sont ceux qui ont été détectés dans les 12 derniers mois. Considered to be inactive since no reports in MeaNS for at least 10 years (excluding SSPE cases). – Considéré comme inactif, n’ayant pas été notifié dans la base MeaNS depuis au moins 10 ans (à l’exclusion des cas de PESS). GenBank accession numbers (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) for the haemagglutinin gene (H) and N-gene. – Numéros d’accès à la base GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pour le gène de l’hémagglutinine (H) et le gène N.

b

c

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ted in a timely manner. Therefore, WHO requires submission of sequences within 2 months of specimen reception in the sequencing laboratory.

soient soumises en temps utile. Ainsi, l’OMS exige que les soumissions aient lieu dans un délai de 2 mois après réception des échantillons par le laboratoire de séquençage.

Methods for assigning “named strains” As recognized in the previous report, sub-genotyping of measles viruses based on the N-450 was found not to be methodologically viable for identification of transmission pathways. Instead, the use of sequence variants, now commonly termed “named strains” was introduced. Linking circulating strains to “named strains” based on identity of N-450 sequences provides an accessible and convenient nomenclature that reflects currently circulating viruses. Sequence submitters can

Méthodes d’attribution des «souches désignées» Comme l’indiquait le précédent rapport, le sous-génotypage des virus rougeoleux sur la base des séquences N-450 ne s’avère pas viable, sur le plan méthodologique, pour l’identification des voies de transmission. Il a donc été décidé d’utiliser plutôt les variants de séquences, désormais appelés «souches désignées». En liant les souches circulantes aux «souches désignées» sur la base de l’identité des séquences N-450, on obtient une nomenclature commode et accessible, représentative des virus actuellement en circulation. Les entités qui soumettent des séquences

RELEVE EPIDEMIOLOGIQUE HEBDOMADAIRE, No 30, 24 JUILLET 2015 375

compare the sequences obtained from recently circulating viruses with the sequences of the pre-existing “named strains”. The use of a single shared database is critical for designating “named strains” to avoid duplication. It is important to consider that while genotype designations remain the same, the use of “named strains” will provide a dynamic nomenclature that enables GMRLN to monitor transmission of measles viruses from on-going outbreaks and sporadic cases. “Named strain” designations will be preserved historically, but once a strain is no longer circulating its significance will diminish. For a nomenclature based on “named strains” to function effectively a mechanism was needed and has been established to define these strains by identifying representative viral sequences within the MeaNS database. “Named strains” are designated to represent epidemiologically significant sequences reported within a 2-year period in multiple countries. They can be proposed by any of the authorized MeaNS submitters. Sequences for named strains must be in the public database in MeaNS and be available through GenBank. The name is derived from the earliest eligible strain in MeaNS. The name does not imply any epidemiological significance. “Named strains” are readily identified within MeaNS, and all “named strains” are listed by genotype in a dedicated section of MeaNS. Among the currently circulating genotypes there are 5 “named strains” for genotype B3, 11 for genotype D4, 8 for genotype D8, 2 for genotype D9, and 6 for genotype H1.

peuvent comparer les séquences obtenues à partir de virus circulants récents avec les séquences des «souches désignées» préexistantes. L’utilisation d’une base de données partagée unique est essentielle pour une dénomination sans duplication des «souches désignées». Bien que les dénominations des génotypes restent inchangées, l’utilisation de «souches désignées» fournira une nomenclature dynamique permettant au GMRLN de surveiller la transmission des virus rougeoleux au cours d’une flambée et lors de cas sporadiques. Les noms des «souches désignées» seront préservés au cours du temps, mais perdront de leur importance une fois que la souche ne circulera plus. Pour qu’une telle nomenclature basée sur les «souches désignées» soit efficace, il a été nécessaire d’établir un mécanisme permettant de définir ces souches par l’identification de séquences virales représentatives dans la base de données MeaNS. Les «souches désignées» sont définies en vue de représenter les séquences épidémiologiquement significatives notifiées par plusieurs pays sur une période de 2 ans. Elles peuvent être proposées par toute entité autorisée à soumettre des séquences dans la base de données MeaNS. Les séquences des «souches désignées» doivent se trouver dans la base de données publique de MeaNS et être disponibles dans GenBank. Le nom attribué est dérivé de la première souche satisfaisant aux critères d’inclusion dans la base de données MeaNS. Il n’implique pas une importance épidémiologique particulière. Les «souches désignées» peuvent aisément être identifiées dans la base MeaNS et sont toutes répertoriées par génotype dans une section spécifique de MeaNS. Parmi les génotypes circulant actuellement, il existe 5 «souches désignées» pour le génotype B3, 11 pour le génotype D4, 8 pour le génotype D8, 2 pour le génotype D9 et 6 pour le génotype H1. Les liens épidémiologiques et l’attribution de la source devraient être établis par enquête épidémiologique et notification des cas. Notons que la présence de séquences N-450 identiques ne suffit pas nécessairement à confirmer un lien épidémiologique, en particulier puisque, par définition, les «souches désignées» se trouvent dans plusieurs pays.

Epidemiological linkages and attribution of source should be done by epidemiological investigation and case reporting. It is important to note that finding identical N-450 sequences alone does not necessarily confirm an epidemiological link, especially since, by definition, the “named strains” are found in multiple countries.

Recent changes to MeaNS From January 2012 to July, 2015 the number of N-450 sequences in MeaNS increased by 218%, from 7691 to 24 571 (i.e. an additional 16 844 sequences were submitted and/or uploaded during that time period). MeaNS provides a global portal for submission of measles virus sequences, genotyping, and sequence comparison. A dedicated section of the MeaNS website has been assigned to describe each “named strain”. When searching for exact sequence matches, the “named strain” will be displayed at the top of the list with search results. In phylogenetic trees constructed using the MeaNS website the genotype reference sequences and “named strain” are displayed alongside the input sequence. Global usage of MeaNS has increased significantly each year since the website became operational in 2008. To facilitate increasing usage and demand, users are now able to upload sequences in bulk by contacting the site administrators. Requests for bulk upload have increased and in the future the MeaNS website will be modified to allow direct bulk upload. 376

Récentes modifications de la base de données MeaNS De janvier 2012 à juillet 2015, le nombre de séquences N-450 contenues dans la base MeaNS a augmenté de 218%, passant de 7 691 à 24 571 (soit 16 844 séquences supplémentaires soumises et/ou téléchargées durant cette période). MeaNS offre un portail mondial de soumission des séquences de virus rougeoleux, de génotypage et de comparaison de séquences. Une section spéciale du site web de MeaNS est consacrée à la description de chaque «souche désignée». Lorsqu’une recherche est effectuée pour trouver une correspondance exacte de séquence, la «souche désignée» est affichée au tout début de la liste de résultats. Dans les arbres phylogénétiques établis à l’aide du site web de MeaNS, les séquences de référence du génotype et la «souche désignée» sont affichées aux côtés de la séquence entrée dans la recherche. Depuis la mise en ligne du site web en 2008, l’utilisation de la base MeaNS à l’échelle mondiale n’a cessé d’augmenter. Pour répondre aux besoins résultant de cette demande et de cet usage croissants, les utilisateurs peuvent désormais télécharger des séquences «en masse» en contactant les administrateurs du site. Les demandes de téléchargement en masse ont augmenté et, à l’avenir, le site web de MeaNS sera modifié pour permettre aux utilisateurs de procéder directement à de tels téléchargements. WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO. 30, 24 JULY 2015

Global distribution of reported measles virus genotypes, 2005–2014 Of the 24 known genotypes, 13 were detected and reported during 2005–2014 (Map 1, Table 2), although some were reported only at a low frequency. Of the 6826  N-450 sequences from wild-type measles viruses submitted to MeaNS in 2014, 4606 were genotype H1, 1323 were genotype B3, 897 were genotype D8, 92 were genotype D9, 25 were genotype D4 and 3 were genotype G3. It is important to note that these genotype reports do not accurately indicate the global distribution of measles virus as there is a strong bias in reporting. It does, however, reflect variations in capacity among WHO Regions to conduct molecular epidemiological surveillance. The majority of the sequences were submitted from the Western Pacific Region and the European Region, which have well-established virological surveillance (Figure 1). The differences in reporting to MeaNS reinforce the need for strengthening virological surveillance for measles particularly in the African Region and the South-East Asia Region. The most frequently reported genotype in 2014 was genotype H1 (Table 2, Figure 1), as genotype H1 was endemic in China, a country with a well-established network of 364 subnational laboratories and a sensitive virological surveillance system. Genotype H1 was also associated with importations of virus into other countries. The most widely distributed measles virus genotypes in 2014 were genotypes B3 and D8 (Map 1). In the past, genotype B3 viruses were endemic primarily in countries in sub-Saharan Africa. However in 2014, B3 genotype, especially viruses with sequences identical to the “named strain” MVs/Harare.ZWE/39.09, had a global distribution. Genotype B3 viruses were associated with cases and outbreaks in 49 counties in all WHO Regions including a very large measles outbreak in the Philippines. In the past, genotype D8 was primarily identified in South-East Asia, particularly in the Indian subcontinent. However, in 2014 there were outbreaks of genotype D8 reported in all WHO Regions except the African Region.

Répartition mondiale des génotypes de virus rougeoleux notifiés, 2005-2014 Sur les 24 génotypes connus, 13 ont été détectés et notifiés dans la période 2005-2014 (Carte 1, Tableau 2), bien que certains n’aient été que peu fréquents. Parmi les 6826 séquences N-450 des virus rougeoleux de type sauvage soumises à la base de données MeaNS en 2014, 4606 appartenaient au génotype H1, 1323 au génotype B3, 897 au génotype D8, 92 au génotype D9, 25 au génotype D4 et 3 au génotype G3. Il est à noter que ces notifications de génotype ne constituent pas une indication exacte de la répartition mondiale des virus rougeoleux, en raison du fort biais de notification. Toutefois, elles reflètent la capacité variable des Régions de l’OMS à assurer une surveillance d’épidémiologie moléculaire. La majorité des séquences ont été soumises par la Région du Pacifique occidental et la Région européenne, qui disposent d’une surveillance virologique bien établie (Figure 1). Les différences observées en termes de notification dans la base MeaNS soulignent la nécessité de renforcer la surveillance virologique de la rougeole, en particulier dans la Région africaine et la Région de l’Asie du Sud-Est. Le génotype le plus souvent signalé en 2014 était le génotype H1 (Tableau 2, Figure 1). Ce dernier était en effet endémique en Chine, un pays où existent un réseau bien établi de 364 laboratoires locaux et un système sensible de surveillance virologique. Le génotype H1 était également associé à des importations de virus vers d’autres pays. Les génotypes caractérisés par la plus forte répartition géographique en 2014 étaient les génotypes B3 et D8 (Carte 1). Dans le passé, les virus de génotype B3 étaient principalement endémiques dans les pays d’Afrique subsaharienne. Cependant, en 2014, les virus de génotype B3, en particulier ceux qui possèdent des séquences identiques à la «souche désignée» MVs/Harare. ZWE/39.09, étaient présents à l’échelle mondiale. Les virus de génotype B3 ont été associés à des cas et des flambées dans 49 pays de toutes les Régions de l’OMS, notamment à une flambée de rougeole de très grande ampleur aux Philippines. Dans le passé, le génotype D8 avait principalement été détecté en Asie du Sud-Est, en particulier dans le sous-continent indien. Toutefois, en 2014, des flambées dues au génotype D8 ont été signalées dans toutes les Régions OMS à l’exception de la Région africaine.

Guidance for MeaNS users 1. Sequences from all wild-type measles viruses should be submitted to MeaNS rather than submitting only “representative sequences”. Sequences should be submitted within 2 months of specimen reception in the sequencing laboratory. 2. MeaNS users are reminded to refer to “named strains” for molecular epidemiologic studies and to link detected sequences reported in their countries to “named strains” if possible. 3. Member States moving towards elimination are reminded to obtain genotype information from at least 80% of the chains of transmission. 4. Although virological surveillance has improved substantially, national programmes are requested to continue to collect specimens for virus

Indications pour les utilisateurs de MeaNS 1. Il convient de soumettre dans MeaNS toutes les séquences des virus rougeoleux de type sauvage, et non seulement les «séquences représentatives». Les séquences doivent être soumises dans un délai de 2 mois après réception des échantillons par le laboratoire de séquençage. 2. Il est rappelé aux utilisateurs de MeaNS qu’ils doivent utiliser les «souches désignées» comme référence pour les études d’épidémiologie moléculaire et lier les séquences détectées dans leurs pays aux «souches désignées», si possible. 3. Il est rappelé aux États Membres progressant vers l’élimination qu’ils doivent obtenir une information génotypique pour au moins 80% des chaînes de transmission. 4. Malgré les progrès substantiels déjà accomplis en termes de surveillance virologique, il est demandé aux programmes nationaux de continuer à recueillir des échantillons destinés

RELEVE EPIDEMIOLOGIQUE HEBDOMADAIRE, No 30, 24 JUILLET 2015 377

378 WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO. 30, 24 JULY 2015

Map 1  Global distribution of wild-type measles virus genotypes and reported measles incidence by Member State in 2014* Carte 1  Répartition mondiale des génotypes des virus rougeoleux de type sauvage et incidence de la rougeole par État Membre en 2014*

The size of the pie sectors reflect the numbers of replicates reported for each genotype.– La taille des secteurs traduit le nombre de réplications notifiées pour chaque génotype. Acknowledgement: WHO Measles LabNet. – Remerciements: LabNet OMS pour la rougeole.

Europe Chart proportional to number of genotypes – Diagramme en secteurs proportionnels au nombre de génotypes

Genotypes – Génotypes

Measles incidence rate (per 1 000 000) – Incidence de la rougeole (pour 1 000 000) <1 >1 – <5 >5 – <10 >10 – <50 >50 Data not available/reported – Aucune donnée disponible/ notifiée Not applicable – Sans objet

* A colored version of this map is available at http://www.who.int/immunization_monitoring/diseases/measles_monthlydata/en/index.html – Une version couleur de cette carte est disponible (en anglais seulement) sur http://www.who.int/immunization_monitoring/diseases/measles_monthlydata/en/index.html The boundaries and names shown and the designations used on this map do not imply the expression of any opinion whatsoever on the part of the World Health Organization concerning the legal status of any country, territory, city or area or of its authorities, or concerning the delimitation of its frontiers or boundaries. Dotted lines on maps represent approximate border lines for which there may not yet be full agreement. – Les appellations employées dans la présente publication et la présentation des données qui y figurent n’impliquent de la part de l’Organisation mondiale de la Santé aucune prise de position quant au statut juridique des pays, territoires, villes ou zones, ou de leurs autorités, ni quant au tracé de leurs frontières ou limites. Les lignes en pointillé sur les cartes représentent des frontières approximatives dont le tracé peut ne pas avoir fait l’objet d’un accord définitif. © WHO 2015. All rights reserved. – © OMS 2015. Tous droits réservés.

Table 2  Frequency of reported measles virus genotypes during 2005–2014 Tableau 2  Fréquence des génotypes de virus rougeoleux notifiés dans la période 2005-2014 Genotypea – Génotypea B2 B3 D11 D4 D5 D6 D7 D8 D9 G3 H1 a

2005 27 40 0 46 12 20 0 56 5 0 39

2006 21 363 0 251 34 108 0 60 3 3 194

2007 0 15 0 550 134 18 1 59 1 4 176

2008 1 10 0 424 113 0 0 72 24 0 157

2009 10 86 6 324 12 0 0 37 28 0 142

2010 52 362 1 584 0 0 0 93 40 25 155

2011 7 322 0 1994 0 0 0 241 222 52 15

2012 0 907 0 921 0 0 0 781 94 1 59

2013 0 425 0 127 0 0 0 1560 83 15 81

2014 0 1323 0 25 0 0 0 897 92 3 4606

Sequences from vaccine-derived strains and cases of subacute sclerosing panencephalitis (SSPE) not included. – Exclut les séquences dérivées des souches vaccinales et des cas de panencéphalite sclérosante subaiguë (PESS).

Figure 1  Frequency of reporting of measles virus genotypes by WHO Region in 2014 as reported in MeaNS (n=number of sequences submitted by each Region) Figure 1  Fréquence de notification de génotypes des virus rougeoleux dans la base MeaNS selon la Région OMS en 2014 (n = nombre de séquences soumises par chaque Région) Western Pacific – Pacifique occidental n=5393 European – Europe n=823 African – Afrique n=33

Americas – Amériques n=360

Eastern Mediterranean – Méditerranée orientale n=64

South-East Asia – Asie du Sud-Est n=152

H1 H1

B3 B3

D8 D8

D9 D9

G3 G3

D4 D4

RELEVE EPIDEMIOLOGIQUE HEBDOMADAIRE, No 30, 24 JUILLET 2015 379

detection and genotyping in addition to serum specimens. 5. MeaNS is used to monitor ongoing transmission of wild-type measles viruses. Therefore, vaccinederived sequences should not be submitted to the MeaNS database.

à la détection et au génotypage des virus, en sus des échantillons sériques. 5. La base de données MeaNS sert à surveiller la transmission des virus rougeoleux de type sauvage. Par conséquent, les séquences dérivées des souches vaccinales ne doivent pas être incluses dans cette base.

Conclusions Since all 6 WHO regions have established a measles elimination goal with target dates at or before 2020, adequate virological surveillance has become an essential component of the evidence needed to verify the absence of an endemic genotype. Molecular epidemiological surveillance has shown that endemic or dominant measles virus genotypes within a given country can change relatively quickly. Therefore, constant monitoring of cases and outbreaks and timely sharing of sequence data are necessary. Timely sharing of data is critical for understanding ongoing viral transmission pathways and monitoring the progress towards elimination. The laboratory methods to perform genetic analysis of wild-type measles viruses are firmly established in GMRLN. Continuing to expand virological surveillance activities, especially in Regions where they are currently insufficient, will be an ongoing challenge. GMRLN is now strengthening quality control and quality assurance of molecular testing. The laboratories in GMRLN are currently exploring the possibility and utility of expanded or alternative sequencing windows and next-generation sequencing technologies. 

Conclusions Depuis que les 6 Régions de l’OMS se sont toutes fixé un objectif d’élimination de la rougeole à l’horizon 2020 au plus tard, les données de surveillance virologique sont devenues une composante essentielle des informations requises pour vérifier l’absence des génotypes endémiques. La surveillance de l’épidémiologie moléculaire a montré que dans un pays donné, les génotypes endémiques ou dominants des virus rougeoleux peuvent évoluer relativement vite. Par conséquent une surveillance constante des cas et des flambées et un partage en temps utile des données sur les séquences génétiques sont donc nécessaires. Le partage des données est indispensable pour comprendre les voies de transmission actuelles des virus et suivre les progrès réalisés en vue de l’élimination de la maladie. Les laboratoires du GMRLN emploient des méthodes solidement établies d’analyse génétique des virus rougeoleux de type sauvage. L’un des défis qui restent à relever est de continuer à étendre les activités de surveillance virologique, en particulier dans les Régions où elles sont actuellement insuffisantes. Le GMRLN a entrepris de renforcer le contrôle de la qualité et l’assurance de la qualité des analyses moléculaires. Les laboratoires du GMRLN examinent par ailleurs les possibilités et les avantages d’une utilisation éventuelle de fenêtres différentes ou plus étendues pour le séquençage, ainsi que des technologies de séquençage de nouvelle génération. 

How to obtain the WER through the Internet (1) WHO WWW server: Use WWW navigation software to connect to the WER pages at the following address: http://www.who.int/wer/ (2) An e-mail subscription service exists, which provides by electronic mail the table of contents of the WER, together with other short epidemiological bulletins. To subscribe, send a message to listserv@who.int. The subject field should be left blank and the body of the message should contain only the line subscribe wer-reh. A request for confirmation will be sent in reply.

Comment accéder au REH sur Internet? 1) Par le serveur Web de l’OMS: A l’aide de votre logiciel de navigation WWW, connectez-vous à la page d’accueil du REH à l’adresse suivante: http://www.who.int/wer/ 2) Il existe également un service d’abonnement permettant de recevoir chaque semaine par courrier électronique la table des matières du REH ainsi que d’autres bulletins épidémiologiques. Pour vous abonner, merci d’envoyer un message à listserv@who.int en laissant vide le champ du sujet. Le texte lui même ne devra contenir que la phrase suivante: subscribe wer-reh.

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www.who.int/wer Email • envoyer message subscribe wer-reh à listserv@who.int Gestion du contenu & production • wantzc@who.int or werreh@who.int WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO. 30, 24 JULY 2015