2005, 80, 125–132
No. 14
Weekly epidemiological record Relevé épidémiologique hebdomadaire 8 APRIL 2005, 80th YEAR / 8 AVRIL 2005, 80e ANNÉE No. 14, 2005, 80, 125–132 http://www.who.int/wer
Contents 125 Outbreak news: – Cholera, Senegal – update – Marburg haemorrhagic fever, Angola – update 126 Standardization of the nomenclature for genetic characteristics of wild-type rubella viruses 132 International Health Regulations
✸ OUTBREAK NEWS Cholera, Senegal – update1 During week 12 (21–27 March 2005), the Ministry of Health, Senegal, reported 757 cases, an increase from 428 cases in the previous week. However, the outbreak appears to be stabilizing at present. The Ministry of Health, with WHO support, is continuing to carry out active surveillance and to raise awareness of the disease and the need for prevention at the individual level. During the pilgrimage, “le Magal de Touba”, 120 additional medical posts were available and the Senegalese authorities disseminated health education messages throughout the community. 1
✸ LE POINT SUR LES ÉPIDÉMIES Choléra au Sénégal – mise à jour Au cours de la semaine 12 (du 21 au 27 mars 2005), le Ministère de la Santé sénégalais a notifié 757 cas, contre 428 la semaine précédente. Il semble néanmoins que la flambée soit en train de se stabiliser. Avec l’aide de l’OMS, le Ministère de la Santé poursuit la surveillance active et les actions de sensibilisation sur la maladie et sur la nécessité de s’en protéger au niveau individuel. Les autorités sénégalaises ont installé 120 postes médicaux supplémentaires pour «le Magal de Touba», un pèlerinage, et elles ont diffusé des messages d’éducation sanitaire dans toute la communauté.
Sommaire 125 Le point sur les épidémies: – Choléra au Sénégal – mise à jour – Fièvre hémorragique de Marburg, Angola – mise à jour 126 Normalisation de la nomenclature des caractéristiques génétiques des virus rubéoleux sauvages 132 Règlement sanitaire international
See No. 12, 2005, pp. 114–115.
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Voir No 12, 2005, pp. 114–115.
Marburg haemorrhagic fever, Angola – update1 31 March 2005 As of 30 March, 132 cases have been reported. These cases include 12 health-care workers. Of the 132 cases, 127 have been fatal. This is the largest number of fatalities ever recorded during an outbreak of this rare, but extremely severe disease. WORLD HEALTH ORGANIZATION Geneva ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTÉ Genève Annual subscription / Abonnement annuel Sw. fr. / Fr. s. 334.– 5.000 4.2005 ISSN 0049-8114 Printed in Switzerland
Fièvre hémorragique de Marburg, Angola – mise à jour1 31 mars 2005 Au 30 mars, 132 cas avaient été notifiés, parmi lesquels 12 soignants. L’issue a été fatale pour 127 d’entre eux. C’est le plus grand nombre de décès jamais enregistré au cours d’une flambée de cette maladie rare, mais extrêmement grave. Des équipes mobiles de surveillance ont été mises en place et enquêtent sur les rumeurs de cas supplémentaires dans la province d’Uige, qui demeure l’épicentre de la flambée. Un laboratoire mobile, fourni par le Laboratoire national canadien de microbiologie, est arrivé le 30 mars, a été installé le lendemain dans la province d’Uige et il est opérationnel depuis le 1er avril. Médecins Sans Frontières fait fonctionner une structure de soins en isolement qui se prépare à recevoir les nouveaux cas qui seront éventuellement identifiés par les équipes mobiles de surveillance. 125
Mobile surveillance teams have been established and are investigating rumours of additional cases in Uige Province, which remains the epicentre of the outbreak. A mobile field laboratory provided by the Canadian National Microbiology Laboratory arrived on 29 March and was then set up in Uige to become operational from 1 April onwards. A dedicated isolation facility, operated by Médecins Sans Frontières, is preparing to receive further cases that may be identified by the mobile surveillance teams.
Additional staff from the Global Outbreak Alert and Response Network (GOARN) and WHO will arrive at the beginning of April. Two logisticians will join teams in Uige and Luanda. A data manager, media coordinator and medical anthropologist will also be arriving at the beginning of April. WHO has dispatched a further 500 kg of personal protective equipment and other supplies to assist in the immediate improvement of infection control in hospitals and the protection of front-line staff. To facilitate real-time coordination of response operations, WHO has dispatched mobile communication field kits, which should greatly expedite the flow of information.
Du personnel supplémentaire en provenance du Réseau mondial d’alerte et d’action en cas d’épidémie (GOARN) et de l’OMS arrivera dès le début avril. Deux logisticiens rejoindront les équipes présentes dans la province d’Uige et à Luanda. Un responsable de la gestion des données, un coordonnateur des médias et un spécialiste de l’anthropologie médicale arriveront également début avril. L’OMS a envoyé de nouveau 500 kg d’équipements de protection individuels et de fournitures diverses pour améliorer immédiatement la lutte anti-infectieuse dans les hôpitaux et protéger le personnel en première ligne. Pour faciliter la coordination de la riposte en temps réel, l’OMS a également envoyé des kits de communication mobile sur le terrain, ce qui devrait permettre d’accélérer fortement la transmission des informations.
4 April 2005 As of 2 April, the Ministry of Health, Angola, has reported 163 cases. Of these, 150 were fatal. Cases have been identified in Uige, Luanda, Cabinda, Malange and Kuanza Norte provinces. Uige remains the epicentre of the outbreak. To date, all cases detected in other provinces are thought to have originated in Uige. Five mobile surveillance teams in Uige continue to investigate rumours and search for additional cases. More than 100 contacts are being followed up. WHO is working with the Ministry of Health to finalize a national plan of action for control of the outbreak, including sustained technical and operational support from WHO and international partners in GOARN. WHO anticipates that implementation of this plan will require significant assistance from the international community. Ⅲ 1
4 avril 2005 Au 2 avril, le Ministère de la Santé angolais a notifié 163 cas, dont 150 mortels. Des cas ont été identifiés dans les provinces d’Uige, de Luanda, de Cabinda, de Malange et de Kuanza Norte. La province d’Uige continue d’être à l’épicentre de la flambée. A ce jour, on pense que tous les cas détectés dans d’autres provinces proviennent d’Uige. Cinq équipes de surveillance mobiles continuent d’enquêter à Uige sur les rumeurs et de rechercher d’autres cas. Plus de 100 contacts sont suivis. L’OMS travaille avec le Ministère de la Santé à la finalisation d’un plan d’action national pour endiguer cette flambée. Celui-ci prévoit une assistance technique et opérationnelle durable de l’OMS et de ses partenaires internationaux du GOARN. L’Organisation pense que la mise en œuvre de ce plan requerra une aide importante de la part de la communauté internationale. Ⅲ 1
See No. 13, 2005, p. 115.
Voir No 13, 2005, p. 115.
Standardization of the nomenclature for genetic characteristics of wildtype rubella viruses A number of genetically distinct groups of rubella viruses currently circulate in the world. The molecular epidemiology of rubella viruses will be useful primarily in rubella control activities for tracking transmission pathways, for documenting changes in the viruses present in particular regions over time and for documenting interruption of transmission of rubella viruses. Use of molecular epidemiology in control activities is now more relevant since the WHO European Region and the Region of the Americas have adopted congenital rubella infection prevention and elimination goals respectively, targeted for 2010. However, a systematic nomenclature for wild-type rubella viruses has been lacking, which has limited the usefulness of rubella virus genetic data in supporting rubella control activities. A meeting was organized at WHO headquarters on 2–3 September 2004 to discuss standardization of a nomenclature for describing the genetic characteristics of wild-type rubella viruses. This report summarizes the outcomes of that meeting. The main goals of the meeting were to provide guidelines for describing the major genetic groups of rubella virus and to establish uniform genetic analysis protocols. In addition, development of a uniform 126
Normalisation de la nomenclature des caractéristiques génétiques des virus rubéoleux sauvages Plusieurs groupes génétiquement distincts de virus rubéoleux circulent actuellement dans le monde. L’épidémiologie moléculaire des virus rubéoleux servira avant tout aux activités de lutte antirubéoleuse pour repérer les filières de transmission, documenter les modifications dans le temps des virus présents dans des régions particulières et documenter l’interruption de la transmission des virus. Le recours à l’épidémiologie moléculaire dans les activités de lutte est désormais plus utile car la Région européenne et la Région des Amériques de l’OMS ont fixé des objectifs respectivement pour la prévention et l’élimination de l’infection rubéoleuse congénitale pour 2010. Toutefois, une nomenclature systématique des virus rubéoleux de type sauvage fait défaut, ce qui a limité l’utilité des données génétiques sur les virus rubéoleux pour les activités de lutte contre la maladie. Une réunion a été organisée au Siège de l’OMS les 2 et 3 septembre 2004 pour examiner la normalisation de la nomenclature visant à décrire les caractéristiques génétiques des virus rubéoleux sauvages. Le présent rapport fait le point des résultats de la réunion. La réunion visait principalement à définir des recommandations pour la description des principaux groupes génétiques de virus rubéoleux et à établir des protocoles standardisés pour l’analyse génétique. En outre, on a examiné la mise au point d’un système standarWEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO. 14, 8 APRIL 2005
virus naming system, rubella virus strain banks and a sequence database were discussed. Standardization of a nomenclature should allow more efficient communication between the various laboratories conducting molecular characterization of wild-type strains and will provide public health officials with a consistent method for describing viruses associated with cases, outbreaks and epidemics.
disé de désignation uniforme des virus, ainsi que l’établissement de banques de souches de virus rubéoleux et d’une base de données de séquences. La normalisation de la nomenclature devrait permettre une communication plus efficace entre les divers laboratoires qui caractérisent les souches sauvages d’un point de vue moléculaire et fournira aux responsables de la santé publique une méthode systématique pour décrire les virus associés aux cas, aux flambées et aux épidémies.
Epidemiology and logistics Rubella viral surveillance is an important part of rubella surveillance during the elimination and control phases; the goal should be to obtain a virus sequence from each chain of transmission during the elimination phase or from representative samples from each outbreak during the control phase. Attempts should be made to obtain specimens for virus isolation and/or sequencing at the same time that serum samples are obtained for serological diagnosis. Epidemiological data should accompany viral surveillance specimens in order to increase the usefulness of the molecular information. These data should include geographical location, date and type of specimen, date of rash onset, clinical presentation (postnatal rubella or congenital rubella syndrome (CRS)), age of patient, vaccine history and vaccination date. WHO is developing a laboratory manual for measles and rubella that will include detailed instructions for obtaining, processing and analysing specimens for viral surveillance. It is imperative that appropriate epidemiological data be collected and linked to specimens. Existing WHO measles and rubella global specialized laboratories and measles virus strain banks at the Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, United States, and the Health Protection Agency, London, England, will also maintain rubella virus strain banks. The functions of the strain banks will include: identification or validation of new genotype(s), reporting of genotype data and collection of strains. Information for candidate genotypes will be submitted directly to a strain bank for identification or validation. Genotype information will be reported within the framework of the established global laboratory network, including timeliness indicators. Timeliness indicators for reporting rubella genotypes will be the same as those recommended for reporting of measles genotypes (within 3 months of obtaining a sequence(s)). Sequence information will be made available through the WHO strain banks, through web sites and via GenBank.1 Updates to the recommended nomenclature will be published periodically in the Weekly Epidemiological Record. The WHO Global Measles and Rubella Laboratory Network will support efforts to obtain isolates of currently circulating wild-type rubella viruses and will facilitate referral to designated laboratories able to perform genetic analysis.
Epidémiologie et logistique La surveillance des virus rubéoleux constitue un aspect important de la surveillance de la rubéole à chaque phase de la lutte et de l’élimination; le but doit être d’obtenir une séquence virale de chaque chaîne de transmission au cours de la phase d’élimination ou des échantillons représentatifs de chaque flambée au cours de la phase de lutte. Il faut s’efforcer d’obtenir des échantillons pour l’isolement et/ou le séquençage de virus en même temps que les prélèvements du sérum pour la sérologie. Les échantillons destinés à la surveillance virale de données épidémiologiques doivent être accompagnés afin de rendre les informations moléculaires plus utiles. Ces données doivent indiquer le lieu géographique, la date et le type de prélèvement, la date de début de l’éruption, le tableau clinique (rubéole postnatale ou syndrome de rubéole congénitale (SRC)), l’âge du malade, les antécédents vaccinaux et la date de la vaccination. L’OMS met au point un manuel de laboratoire pour la rougeole et la rubéole qui comprendra des instructions détaillées pour obtenir, traiter et analyser les échantillons aux fins de la surveillance virale. Il est indispensable d’accompagner les échantillons des données épidémiologiques appropriées. Les laboratoires spécialisés mondiaux existants de l’OMS pour la rougeole et la rubéole et les banques de souches de virus rougeoleux aux Centers for Diseases Control and Prevention à Atlanta (Etats-Unis) et à la Health Protection Agency à Londres (RoyaumeUni) maintiendront aussi des banques de souches de virus rubéoleux. Elles auront notamment pour fonction d’identifier ou de valider les nouveaux génotypes, de notifier les données génotypiques et de collecter les souches. Les informations concernant les éventuels génotypes seront soumises directement à une banque de souches pour identification ou validation. L’information génotypique sera notifiée dans le cadre du réseau de laboratoires mondiaux avec notamment des indicateurs des délais à respecter. Ces indicateurs pour la notification des génotypes des virus rubéoleux seront les mêmes que ceux recommandés pour la notification des génotypes rougeoleux (3 mois à compter de l’obtention d’une ou de plusieurs séquences). L’information sur les séquences sera disponible par le biais des banques de souches de l’OMS, sur des sites Web et par l’intermédiaire de GenBank.1 Des mises à jour de la nomenclature recommandée seront publiées périodiquement dans le Relevé épidémiologique hebdomadaire. Le réseau mondial de laboratoires de la rougeole et de la rubéole de l’OMS appuyera les efforts visant à obtenir des isolements des virus rubéoleux sauvages actuellement en circulation et facilitera l’acheminement vers des laboratoires désignés en mesure d’effectuer des analyses génétiques.
Sequencing and sequence analysis Isolation of rubella virus from clinical specimens should be attempted, with the goal being to identify representative isolates from each chain of transmission during the elimi1
Séquençage et analyse des séquences On essaiera d’isoler le virus de la rubéole à partir des prélèvements cliniques, dans le but d’identifier des isolements représentatifs de chacune des chaînes de transmission au cours de la phase d’élimi1
GenBank is the genetic sequence database of the National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, United States, for all publicly available DNA sequences.
GenBank est la base de données de séquences génétiques pour toutes les séquences d’ADN accessibles au public des National Institutes of Health, Bethesda, Maryland (États-Unis). 127
RELEVE EPIDEMIOLOGIQUE HEBDOMADAIRE, No 14, 8 AVRIL 2005
nation phase or each outbreak during the control phase. Rubella virus isolation should be performed in Vero cells and should be confirmed by indirect fluorescent assay or reverse transcription (RT)-PCR, as the cytopathic effect is minimal. Rubella isolation can also be performed using Vero/SLAM cells in laboratories that are attempting to isolate wild-type measles viruses using these cells. Use of RT-PCR to amplify rubella sequences directly from clinical material is highly sensitive, and sequence information derived from the products can be used for molecular epidemiological studies. Protocols for isolation, direct RT-PCR, sequencing and sequence analysis will be available from WHO. Most of the genetic studies of wild-type rubella viruses have been conducted by sequencing the full length or portions of the coding region of the E1 envelope protein. Sequencing other regions of the rubella virus genome for molecular epidemiology was discussed, but no compelling arguments for changing from the E1 region were identified. At present, different regions (windows) in the E1 coding region are used for genetic characterization. After evaluation of these windows, a window of 739 nucleotides (nts) – nts 8731–9469 – was recommended for routine molecular epidemiological analysis. This window results from combining 2 commonly used, overlapping sequence windows, designated 601 and 552 (see below). Use of any one of several widely available computer programs for phylogenetic analysis is acceptable. For example, computer programs based on maximum likelihood, maximum parsimony or other methods are acceptable, provided the analysis is done using the set of accepted reference sequences. The use of reference viruses in an analysis will control for ambiguities in the assignment of viruses. Analysis must be performed with at least the recommended, minimum acceptable window (739 nts); the analysis will be considered valid if the accepted set of reference viruses falls into the accepted groups. Analysis of each data set with multiple phylogenetic analysis programs is desirable. A phylogenetic program called MrBayes was used to generate the figures in this report. This program provides clade credibility values for the various nodes in phylogenetic trees; clade credibility values are analogous to bootstrap values, which can be obtained from maximum parsimony and maximum likelihood analyses. The major phylogenetic groups of rubella viruses, which differ by 8–10% in nucleotide sequence, are easily separated and were designated as clades 1 and 2 at the meeting. This is a departure from the terminology previously used, but makes the rubella nomenclature closer to that used to describe the genetic characteristics of wild-type measles viruses. Reference viruses for 7 intraclade groups, called genotypes, were accepted and designated with upper-case letters (1B, 1C, 1D, 1E, 1F, 2A and 2B) (Table 1, Fig. 1). In addition, 3 provisional genotypes (1a, 1g and 2c) were discussed (Table 1, Fig. 1). A provisional genotype will become an established genotype when reference viruses are obtained and phylogenetic relationships between the provisional genotype and other genotypes become clear. Genotype 1a was considered provisional because the phylogeny of this group of viruses was complex and poorly understood. Genotype 1a includes viruses from the 1960s (e.g. early vaccine strains), but this 128
nation ou de chacune des flambées pendant la phase de lutte. L’isolement du virus rubéoleux se fera sur cellules Vero et sera confirmé par fluorescence indirecte ou PCR transcriptase inverse (RT-PCR), l’effet cytopathique étant très peu important. L’isolement peut également être pratiqué au moyen de cellules Vero/SLAM dans les laboratoires qui isolent les virus rougeoleux sauvages au moyen de ces cellules. La RT PCR utilisée pour amplifier les séquences du virus rubéoleux directement à partir des prélèvements cliniques est très sensible, et les données concernant les séquences obtenues à partir de ces produits peuvent servir dans les études d’épidémiologie moléculaire. Des protocoles concernant l’isolement, la RT PCR directe, le séquençage et l’analyse des séquences seront disponibles auprès de l’OMS. La plupart des études génétiques sur les virus rubéoleux sauvages ont été réalisées par séquençage de la totalité ou de portions de la région codante de la protéine d’enveloppe E1. Le séquençage d’autres régions du génome du virus rubéoleux pour l’épidémiologie moléculaire a été envisagé, mais aucun argument indiscutable n’indique qu’il faille séquencer d’autres régions que la région E1. Actuellement, différentes régions ou «fenêtres» de la région codante E1 sont utilisées pour la caractérisation génétique. Après évaluation de plusieurs de ces fractions, il a été recommandé d’examiner une «fenêtre»de 739 nucléotides (8731–9469) dans les analyses d’épidémiologie moléculaire de routine. Cette «fenêtre» est obtenue par l’association de 2 séquences couramment utilisées qui se recoupent, désignées par 601 et 552 (voir ci dessous). N’importe lequel des programmes informatisés largement disponibles applicables à l’analyse phylogénétique est utilisable. Par exemple, les programmes informatiques qui reposent sur le maximum de vraisemblance, le maximum de parcimonie ou d’autres méthodes sont acceptables, à condition que l’analyse soit pratiquée sur la série de séquences de référence acceptées. L’utilisation de virus de référence dans l’analyse doit permettre d’éliminer les ambiguïtés de la catégorisation un virus. L’analyse doit être réalisée avec au moins la région minimale acceptable recommandée (739 nucléotides); elle sera considérée comme valable si la série de virus de référence acceptée correspond aux groupes acceptés. Il est souhaitable d’analyser les données au moyen de plusieurs programmes d’analyse phylogénétique. Le programme utilisé pour obtenir les figures de ce rapport est appelé MrBayes. Ce programme donne des valeurs de la crédibilité des différentes branches à chaque noeud des arbres phylogénétiques; ces valeurs sont comparables aux valeurs données par la méthode des «bretelles», que l’on peut obtenir par l’analyse de la parcimonie maximale et de méthode du maximum de vraisemblance. Les groupes phylogénétiques de virus rubéoleux les plus importants, qui diffèrent par 8 à 10% de leurs séquences nucléotidiques, ont été facilement distingués et désignés lors de la réunion sous le nom de clades 1 et 2. Cette terminologie s’écarte de celle qui était employée auparavant, mais rapproche la numenclature du virus rubéoleux de celle qui est utilisée pour décrire les caractéristiques génétiques des virus rougeoleux sauvages. Des virus de référence ont été acceptés pour 7 groupes intra clades, appelés génotypes, et désignés par des lettres majuscules (1B, 1C, 1D, 1E, 1F, 2A et 2B) (Tableau 1; Figure 1). En outre, 3 génotypes provisoires(1a, 1g, 2c) ont été examinés (Tableau 1, Figure 1). Un génotype provisoire devient établi lorsque l’on a obtenu des virus de référence et que les relations phylogénétiques entre le génotype provisoire et d’autres génotypes sont clairement définis. Le génotype 1a a été considéré comme provisoire, la phylogénie de ce groupe de virus étant complexe et mal connue. Le génotype 1a inclut des virus des années 60 (les premières souches vaccinales, par exemple), mais ce génotype a rarement été observé ces WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO. 14, 8 APRIL 2005
Table 1 Reference strains to be used for genetic analysis of wild-type rubella viruses, 2004a Tableau 1 Souches de référence à utiliser pour l’analyse génétique des virus rubéoleux sauvages, 2004a Genotype – Génotype 1a Reference strainsb – Souches de référenceb RVi/BEL/63 RVi/Con.USA/61 RVi/Toyama.JPN/67 RVi/ISR/75[1B] RVi/ISR/88[1B] RVi/ISR/79[1B] RVi/Los Angeles.Cal.USA/91[1C] RVi/SLV/02[1C] RVi/PAN/99[1C] RVi/Daly City.Cal.USA/97[1D]CRS RVi/Tokyo.JPN/90[1D]CRS RVi/Saitama.JPN/94[1D] RVi/Shandong.CHN/02[1E] RVi/MYS/01[1E] RVi/Shandong.CHN/00[1F] RVi/Anhui.CHN/00[1F] RVi/Beijing.CHN/79[2A] RVi/Beijing.CHN/80[2A] RVi/TelAviv.ISR/68[2B] RVi/Seatle.Wash.USA/16.00[2B] RVi/Anhui.CHN/00/2[2B] RVi/USA/64 Reference strainsc – Souches de référencec Cendehill BEL 63d HPV77 US 61d TO-336 WT JP 67e I-9 IS 75 I-34 IS 88 I-13 IS 79 BUR US 91 QUI ELS 02 P-31 PAN 99 SAL-CA US 97 NC JP 90 SAI-1 JP 94 T14 CH 02 M-1 MAL 01 TS10 CH 00 TS 38 CH 00 BRD1 CH 79 BRD2 CH 80d I-11 IS 68 TAN IND 00 TS34 CH 00 RA27/3 US 64d Accession numbers – Numéros d’accession AF188704 M30776 AB047330 AY968207 AY968209 AY968208 AY968212 AY968211 AY968217 AY968206 AY968214 AY968216 AY968210 AY968221 AY968213 AY968215 AY258322 AY258323 AY968219 AY968220 AY968218 L78917g
1B
1C
1D
1E 1F 2A 2B
Vaccinef a
b
c d e f g
Sequence information for the structural protein (SP) coding region (C, E2 and E1) is available at the United States Centres for Disease Control and Prevention (CDC). Reference viruses for provisional genotypes 1g and 2c are not available yet. – Les données concernant la séquence de la région codante des protéines de structure (C, E2 et E1) sont disponibles auprès des United States Centres for Disease Control and Prevention (CDC). Il n’existe pas encore de virus de référence pour les génotypes provisoires 1g et 2c. Strains are named using the new convention described in this report. Missing information for some strains is being obtained or is unavailable. – Les souches sont désignées conformément à la nouvelle convention décrite dans ce rapport. Les informations manquent pour certaines souches ; elles sont en cours d’obtention ou n’existent pas. Strains are named using old or previously published identifiers. – Souches désignées conformément aux critères anciens ou publiés antérieurement. Attenuated vaccine virus for which original wild-type virus has been lost. – Virus vaccinal atténué pour lequel le virus sauvage d’origine a été perdu. Progenitor wild-type virus for attenuated vaccine virus TO-336 Vac. – Virus sauvage à l’origine du virus vaccinal atténué TO-336 Vac. The genotype of this virus is considered to be 1a. – On considère que le génotype de ce virus est 1a. The CDC SP sequence is at least 2 nucleotides different from this published sequence. In the CDC sequence, nucleotide 9266 is changed from an A to a G and nucleotide 9386 is changed from a C to a G. – La séquence de la protéine de structure des CDC diffère au moins par 2 nucléotides de la séquence publiée ici. Dans la séquence des CDC, le nucléotide 9266 (A) est remplacé par G, et le nucléotide 9386 (C) est remplacé par G.
genotype has been found infrequently in recent years, limiting the number of new genotype 1a viruses and thus limiting the opportunities to further characterize the complexity of this group of viruses. Recently, however, new genotype 1a viruses have been found in Mongolia and Myanmar and this may allow further characterization of this group of viruses. Given the historical significance of this group, reference sequences were designated for this provisional group (Table 1). Genotype 1g was considered provisional both because reference sequences were not available and because the relationship between genotype 1g and genotype 1B was not clear. The clustering of viruses from genotype 1B and 1g is more sensitive to the sequence window used than that of viruses from genotypes 1C, 1D, 1E, 1F, 2A, 2B or 2c (Internet Fig. 2)2 Genotype 2c was considered provisional only because reference viruses were not available; information reported at the meeting indicated that 2c reference sequences will soon be available. The phylogenetic trees for reference viruses using different windows illustrate why the 739 nt window was recommended (Internet Fig. 2).2 The structural protein window includes the entire coding region for the C, E2 and E1 pro2
dernières années, ce qui limite le nombre des nouveaux virus de génotype 1a et, par conséquent, également les possibilités de caractérisation de ce groupe complexe de virus. On vient cependant d’observer des nouveaux virus de génotype 1a en Mongolie et au Myanmar, ce qui permettra de mieux caractériser le groupe. En raison de l’importance historique de ce groupe, des séquences de référence ont été désignées pour ce groupe provisoire (Tableau 1). Le génotype 1g a été considéré comme provisoire car il n’existe pas de séquences de référence et la relation entre le génotype 1g et le génotype 1B n’est pas claire. Le groupement des virus de génotype 1B et 1g est plus sensible au choix de la séquence de nucléotides utilisée que les génotypes 1C, 1D, 1E, 1F, 2A, 2B ou 2c (Figure 2 sur le site Internet).2 Le génotype 2c a été considéré comme provisoire pour la seule raison qu’il n’existe pas de virus de référence ; d’après les informations fournies lors de la réunion, des séquences de référence pour le génotype 2c seront bientôt disponibles. Les arbres phylogénétiques des virus de référence établis au moyen de différentes fenêtres montrent pourquoi la fenêtre de 739 nucléotides a été recommandée (Figure 1sur le site Internet).2 Cette fenêtre contient la région codante entière des protéines C, E2 et E1 et sert de 2
See http://www.mayeticvillage.com/who-rubellagenotype, user name: “rubella”; password: “rubella”.
Les informations sont disponibles sur le site Internet associé au présent rapport: http://www.mayeticvillage.com/who-rubellagenotype, nom d’utilisateur: «rubella»; mot de passe : «rubella». 129
RELEVE EPIDEMIOLOGIQUE HEBDOMADAIRE, No 14, 8 AVRIL 2005
Fig. 1 Phylogenetic tree of rubella virus reference sequences listed in Table 1, using nts 8731–9469a Fig. 1 Arbre phylogénétique des séquences de référence des virus rubéoleux présentées dans le tableau, d’après la séquence de nucléotides 8731-9469a
a
The Bayesian inference program, MrBayes, was used with settings of 200 000 Ngens; Samplefreq, 100; Nchains, 4; Burnin, 10. The position of 1 sequence (uganda 2001), which is probably in genotype 1g, is shown to represent this provisional genotype. The positions of 2 genotype 2c viruses are shown using published E1 sequences. See also Table 1, and Internet Table 2, Internet Fig. 2 and Internet Fig. 3 (available at http://www.mayeticvillage.com/who-rubellagenotype, user name: “rubella”; password: “rubella”). – Le programme MrBayes utilisant les méthodes d’inférence bayésienne a été appliqué avec les critères suivants : Ngens 200 000; Samplefreq 100; Nchains 4; Burnin 10. La position d’1 séquence (Uganda 2001), qui pourrait être de génotype 1g, est indiquée pour représenter ce génotype provisoire. La position de 2 virus de génotype 2c est indiquée en utilisant les séquences publiées de E1. Voir également le Tableau 1 et le Tableau 2 sur le site Internet ainsi que les Figures 2 et 3 sur le site Internet (disponible sur http:// www.mayeticvillage.com/who-rubellagenotype, user name: “rubella”; password: “rubella”).
teins and is the standard against which the other windows were evaluated. In the analysis presented, the 601 window did not give the proper groupings for the 1B and 1g viruses, and the 552 window did not give high clade credibility values for the 1F genotype. However, the combined window – 739 – gave the proper groupings of reference viruses for the 1B genotype and high clade credibility values for viruses from the 1F genotype. Proposals for new genotypes should be submitted to the strain banks for evaluation. When possible, the earliest isolates should be used as reference viruses.
référence pour évaluer les autres fenêtres. Dans l’analyse présentée, la fenêtre 601 n’a pas permis de grouper correctement les virus 1B et 1g, et la fenêtre 552 et la crédibilité des clades est faible pour le génotype 1F. La fenêtre combinée – 739 – a permis d’obtenir un groupement correct des virus de référence du génotype 1B et une crédibilité forte des clades pour les virus du génotype 1F.
Les propositions concernant les nouveaux génotypes doivent être soumises aux banques de souches qui les évalueront. On utilisera si possible comme virus de référence les virus isolés antérieurement.
Criteria for a recognized genotype a. Two reference viruses in the genotype are available and have been submitted to a WHO recognized strain bank. b. Sequences are available from the entire structural protein open reading frame (SP–ORF) (coding region for C, E2 and E1 proteins) of the 2 reference viruses in the genotype. c. Phylogenetic analyses of the reference viruses in the genotype with the reference viruses from all other genotypes show that: i. the reference viruses from the genotype cluster together with one another and separately from the reference viruses of all other genotypes with high confidence values (e.g. 80–90% bootstrap values). This clustering should be obtained with at least 2 different analysis methods; 130
Critères de définition d’un génotype reconnu a. Il existe deux virus de référence du génotype, soumis à une banque de souches reconnue par l’OMS. b. Il existe les séquences correspondant à la totalité de la protéine de structure en cadre de lecture ouvert (SP-ORF) (région codante des protéines C, E2 et E1) pour les 2 virus de référence de ce génotype. c. L’analyse phylogénétique des virus de référence du génotype comparée à celle des virus de référence de tous les autres génotypes montre que: i) les virus de référence du génotype sont regroupés ensemble et le distinguent des virus de référence appartenant à tous les autres génotypes, avec un niveau de confiance important (80-90% par la méthode des «bretelles» par exemple). On doit retrouver ce même regroupement en utilisant 2 méthodes d’analyse différentes; WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO. 14, 8 APRIL 2005
ii. the phylogenetic tree topology obtained with full SP– ORF sequences of the reference viruses of the genotype and other reference viruses should be the same when the coding sequences of C, E2 and E1 are analysed individually; iii. the intragenotype and intergenotype distances for the reference viruses in the genotype are consistent with those for the existing genotypes; iv. the branching pattern obtained in the phylogenetic analysis versus other reference viruses is consistent with a new genotype. d. Sequence data for reference viruses in the genotype have been submitted to GenBank with the virus name and associated epidemiological and clinical data (see Convention for naming strains, below).
ii) la topologie de l’arbre phylogénétique obtenue avec les séquences SP-ORF entières des virus de référence du génotype et des autres virus de référence doit être la même lorsque l’on analyse individuellement les séquences codantes de C, E2 et E1; iii) la distance intra-génotype et inter-génotype pour les virus de référence du génotype correspond à celle des génotypes existants; iv) le type d’arbre fourni par l’analyse phylogénétique comparé à celui d’autres virus de référence est conforme avec l’existence d’un nouveau génotype. d. Les données du séquençage pour les virus de référence du génotype ont été soumises à la GenBank accompagnées du nom du virus et des données cliniques et épidémiologiques correspondantes (voir ci dessous la Convention concernant la désignation des souches).
Convention for naming strains The system of strain naming will include epidemiological information that is essential for interpretation of the molecular data. Since sequence data may be derived from viruses isolated in cell culture or from RNA extracted directly from clinical materials, strains or sequences will be designated as either:
Convention concernant la désignation des souches Le système de désignation des souches doit inclure les données épidémiologiques indispensables à l’interprétation des données moléculaires. Dans la mesure où les données relatives aux séquences peuvent être obtenues à partir de virus isolés en culture cellulaire ou à partir d’ARN extraits directement de prélèvements cliniques, les souches ou les séquences seront désignées de la manière suivante:
! RVi: rubella virus isolate in cell culture; or ! RVs: rubella virus sequence derived from RNA extracted from clinical material. Other information to be included in the strain/sequence name will be: a. town/city of isolation and state if necessary, use whole name or abbreviation (required); b. country, use International Organization for Standardization 3-letter designation (required); c. date of specimen collection by epidemic week (1–52) and year (required); d. isolate number if more than 1 per week (optional); e. genotype (optional initially, required after sequencing the 739 nt window in the E1 coding region); f. special designation for sequences derived from CRS cases (optional). The following examples illustrate the proposed naming convention.
! RVi: isolement de virus rubéoleux en culture cellulaire; ou ! RVs: séquence de virus rubéoleux obtenue à partir d’ARN extrait d’un prélèvement clinique. D’autres informations doivent figurer dans la désignation de la séquence/de la souche: a. ville/cité où a été fait l’isolement et nom de l’Etat si nécessaire: nom entier ou abrégé (obligatoire); b. pays: utiliser la désignation de l’Organisation internationale de Normalisation en 3 lettres (obligatoire); c. date de recueil du prélèvement: numéro de la semaine (1-52) et année (obligatoire); d. numéro de l’isolement s’il en existe plus d’un par semaine (facultatif); e. génotype (facultatif au début, obligatoire après le séquençage des 739 nucléotides de la région codante de E1); f. désignation particulière pour les séquences obtenues à partir de cas de syndrome de rubéole congénitale (CRS) (facultatif). Les exemples suivants sont conformes à la convention proposée pour la désignation.
! RVi/Tokyo.JPN/03.98/2[1D] ! RVs/London.GBR/17.97[1B]CRS Global distribution of rubella genotypes Although rubella virus surveillance is recognized as being suboptimal, the current information concerning the global distribution of rubella virus genotypes is shown in Internet Fig. 3.2 It includes all genotype information reported at the September 2004 WHO nomenclature meeting and previously published genotype information from 1985 to 2004. There are several interesting characteristics observed in the genotype distribution of rubella viruses. Genotype 1a was found most frequently worldwide before 1984 and has now almost disappeared, except in Mongolia and Myanmar. The last genotype 1a identified in the rest of the world was in Canada in 1985. Genotypes 1B, 1C, 1D and 1F have been found to be restricted to certain geographical areas. More RELEVE EPIDEMIOLOGIQUE HEBDOMADAIRE, No 14, 8 AVRIL 2005
! RVi/Tokyo.JPN/03.98/2 [1D] ! RVs/London.GBR/17.97/2 [1B] CRS Répartition mondiale des génotypes de virus rubéoleux S’il est reconnu que la surveillance des virus rubéoleux n’est pas optimale, les informations actuelles concernant la répartition mondiale des génotypes apparaît dans la Figure 3 sur le site Internet. Toutes les informations génotypiques signalées à la réunion de l’OMS sur la nomenclature de septembre 2004 et toutes les informations précédemment publiées de 1985 à 2004 y figurent. On observe plusieurs caractéristiques intéressantes dans la répartition des génotypes. Le génotype le plus fréquent dans le monde entier avant 1984 était la génotype 1a qui a pratiquement disparu, sauf en Mongolie et au Myanmar. Le dernier génotype 1a identifié ailleurs dans le monde l’a été au Canada en 1985. Les génotypes 1B, 1C, 1D et 1F sont limités à certaines zones géographiques. Plus précisément, 1B a été trouvé en Europe et le long de la côte orientale de 131
precisely, 1B has been found in Europe and along the eastern coast of South America; 1C has been found in Central America and along the western coast of South America; 1D has been found in Asian countries, and 1 genotype 1D virus has been found in Ethiopia; 1F has been found in China. Genotype 1C was observed in a single outbreak in Japan and was thought to have been imported from a concurrent outbreak in the Americas, although there are no direct epidemiological data to support this. Genotype 1D was previously found in Canada and the United States, but was last found in these countries in 1987 in Canada and in 1988 in the United States. Genotype 1E, first identified in 1997, now appears to be a genotype with a global distribution. Genotype 1g needs more study; nevertheless, countries where this provisional genotype has been found are shown in Internet Fig. 3.2 Viruses in clade 2 have been found only in Africa, Asia and Europe. Genotype 2A was isolated only in China in 1979 and 1980 and has not reappeared since then. Genotype 2B is distributed more widely than other genotypes in clade 2. Genotype 2c has been found only in the Russian Federation.
l’Amérique du Sud, 1C en Amérique centrale et le long de la côte occidentale de l’Amérique du Sud, et 1F en Chine; quant à 1D, il a été observé dans les pays d’Asie (un virus de génotype 1D a été trouvé en Éthiopie). Le génotype 1C a été observé dans une flambée unique au Japon et l’on suppose qu’il a été importé d’une flambée simultanée dans les Amériques bien qu’il n’y ait pas de données épidémiologiques pour appuyer cette hypothèse. Le génotype 1D était généralement présent au Canada et aux États-Unis mais il a été observé pour la dernière fois en 1987 au Canada et en 1988 aux Etats-Unis. Le génotype 1E, identifié pour la première fois en 1997 semble maintenant être présent dans le monde entier. Le génotype 1g doit faire l’objet d’études plus approfondies mais on trouvera les pays où la présence de ce génotype provisoire a été constatée sur la Figure 3 sur le site Internet.
Les virus du clade 2 ont été décelés uniquement en Afrique, en Asie et en Europe. Le génotype 2A a été isolé uniquement en Chine en 1979 et 1980 et n’est pas réapparu depuis. Le génotype 2B est plus répandu que les autres génotypes du clade 2. Le génotype 2c n’a été observé qu’en Fédération de Russie.
Summary The main goals of the meeting – to provide guidelines for describing the major genetic groups of rubella virus and to establish uniform genetic analysis protocols – were achieved. Guidelines for describing the genotypes as an operational taxonomic group consisted of the designation of reference viruses and reference sequences for 7 genotypes of rubella viruses representing 2 clades, and designation of an additional 3 provisional genotypes. Provisional genotype status was given either because reference viruses were not yet available and/or because there was uncharacterized complexity within the genetic group. Uniform analysis protocols recommended the comparison of unknown viral sequences with the complete set of designated reference viruses, and recommended a minimum acceptable sequence window which produced phylogenetic results with high confidence values. A list of literature references about rubella virus phylogeny and molecular epidemiology is available from the WHO Internet site for this report.2 As additional understanding of the genetic characteristics of wild-type rubella viruses is achieved, updates to the recommended nomenclature will be made and published in the Weekly Epidemiological Record. Ⅲ
Résumé Les principaux buts de la réunion – à savoir fournir des recommandations pour décrire les principaux groupes génétiques de virus rubéoleux et établir des protocoles standardisés pour l’analyse génétique ont été atteints. Des recommandations concernant la description des génotypes comme groupe taxonomique opérationnel comprennent la désignation de virus de référence et de séquences de référence pour 7 génotypes de virus rubéoleux représentant 2 clades et la désignation de 3 autres génotypes provisoires. Le statut de génotype provisoire a été utilisé parce que les virus de référence n’étaient pas encore disponibles et/ou en raison de la complexité de ce cadre du groupe génétique non caractérisé. Les protocoles d’analyse standardisés recommandent la comparaison de séquences virales inconnues avec les séquences de la série complète de virus de référence désignés et recommandent aussi d’examiner la fenêtre séquence minimale acceptable avec laquelle on obtient une analyse phylogénétiques dont le niveau de confiance est élevé. Une liste de références bibliographiques concernant la philogénie et l’épidémiologie moléculaire des virus rubéoleux est disponible sur le site Internet de l’OMS pour le présent rapport.2 A mesure que les caractéristiques génétiques des virus rubéoleux sauvages seront mieux comprises, la nomenclature recommandée fera l’objet de mises à jour qui seront publiées dans le Rapport épidémiologique hebdomadaire. Ⅲ
INTERNATIONAL HEALTH REGULATIONS / RÈGLEMENT SANITAIRE INTERNATIONAL Notifications of diseases received from 1 to 7 April 2005 / Notifications de maladies reçues du 1er au 7 avril 2005 Cholera / Choléra Cas / Décès Africa / Afrique Democratic Republic of the Congo / République démocratique du Congo 10-20.III ........................................................ 183 Senegal / Sénégal 24-27.III ........................................................ 379 Cases / Deaths Cases / Deaths Cas / Décès
Zimbabwe 23.II-20.III ........................................................ 9 2 4 Asia / Asie India / Inde 1.I-19.II ........................................................ 57
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WWW access • http://www.who.int/wer E-mail • send message subscribe wer-reh to majordomo@who.int Fax: +41-(0)22 791 48 21/791 42 85 Contact: wantzc@who.int / wer@who.int 132
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